1980년대 이후 정부 운영기조가 투입 및 과정에서 결과 및 성과중심으로 변화하면서 최고감사기구의 공공부문 제도 개선과 운영 효율성 제고 강화를 위한 기능이 강조되고 있다. 우리나라 최고감사기구인 감사원의 감사는 공공부문 제도 개선과 운영 효율성 제고 기능을 수행할 수 있는 방향으로 이루어지고 있는가? 이러한 물음에 답하기 위해 본 연구는 지방재정 투·융자사업 심사제도 및 운영을 사례로 선정하여 감사원의 감사범위와 판단기준을 살펴보았다. 선행연구와 실태분석, 전문가브레인스토밍 등을 통해 심사제도 및 운영상의 주요 문제점을 도출한 다음 감사원 감사(2001년~2011년)에서 지적된 사항과 비교분석하였다. 분석 결과 감사원 감사의 지적사항은 도출된 주요 문제점 모두를 포함하고 있지는 못했고 합규성을 기준으로 지적된 사항이 많았다. 감사원 감가 제도개선과 운영 효율성 제고에 기여하기 위해서는 감사 범위에 심사추진체계 및 절차, 심사주체, 심사결과 등 주요 문제점을 포함하도록 하고 효율성, 효과성, 경제성 등 3E 기준의 적용을 확대해야할 것이다.