대법원은 행정처분을 받기 위하여 학술지에 게재되어 있던 논문을 1부 복제한 후 그 승인 신청서에 이를 참고자료로 인용(첨부)해 제출한 대법원 2013.2.15. 선고2011도5835 사건에서, 저작권법 제35조의3 소정의 공정이용 법리가 도입되기 이전에 널리 ‘저작물의 공정이용’의 법리가 인정되는 것으로 볼 수 없다고 판시하였다. 또한, 행정처분을 받기 위하여 학술지에 게재되어 있던 논문을 1부 복제한 후 그 승인 신청서에 이를 참고자료로 인용(첨부)해 제출하는 행위는, 인용의 목적, 저작물의 성질, 인용된 내용과 분량, 피인용저작물을 수록한 방법과 형태, 독자의 일반적 관념, 원저작물에 대한 수요를 대체하는지 여부 등을 종합적으로 고려할 때 저작권법 제28조 소정의 ‘공표된 저작물의 인용’에는 해당하지 않는다고 판시하였다. 아울러, 기업 내부에서 업무상 이용하 위하여 저작물을 복제하는 행위는 이를 ‘개인적으로 이용’하는 것이라거나 ‘가정 및 이에 준하는 한정된 범위 안에서 이용’하는 것이라고 볼 수 없다고 판시하였다.
동 판결은 행정처분을 받기 위하여 학술지에 게재되어 있던 논문을 복제하여 제출하는 행위를 허용하게 되면, 기업에 따라서는 1년에 수천 건씩 제출하고 있는 실정에서 누구라도 행정절차, 입법청원 등에 필요한 저작물을 무단 복제하여 제출하는 것이 가능해진다는 점, 원·피고는 같은 원료를 사용한 제품을 판매하는 경쟁자로서 상호간 법적·사실적 분쟁이 계속되고 있다는 점, 일본도 2006년 특허심사절차와 약사행정에 관하여서만 입법으로 일부 허용하고 나머지는 보류하였다는 점, 독일의 경우 개인이 관공서에 제출목적으로 복제하는 것을 허용하고 있으나 우리나라와는 달리 복제보상금제도를 도입하여 저작권자를 두텁게 보호하고 있다는 점 등을 종합적으로 고려하여 판단한 것으로 여겨진다. 이처럼 동 사건은 경쟁회사끼리의 분쟁과정에서 발생한 독특한 사건이라는 점에서, 이를 일반화하여 행정청에 저작권침해라는 인식 없이 관행적으로 다른 논문을 복사해 참고자료로 첨부 · 제출하는 모든 행위를저작권침해로 인정하는 것은 타당하지 않은 것으로 여겨진다.
다만, 공공기관을 상대로 한 저작물 이용과 관련하여 국내·외적으로 많은 논의가 진행되고 있다는 점을 고려하여, 향후 특허심사 및 의약품·의료기구 승인심사의 신속화 및 정확성을 확보함과 함께 공공의 안전을 도모하기 위하여 일본 저작권법 제46조 제2항과 같은 조항을 신설하는 방안, 널리 공공의 안전을 도모하기 위하여 독일 저작권법 제45조와 같이 행정절차에서 저작물의 자유이용을 규정하는 방안이 복제보상금제도의 도입과 연계하여 마련되어야 할 것이다. 아울러 향후 저작권법 제35조의3에 규정된 공정이용에 해당하는지의 여부, 특히 어문저작물의 이용이 공정이용에 해당하는지의 여부를 판단함에 있어서, 집중관리단체(어문저작물의 경우 한국복사전송권협회)가 관리하는 저작물의 수가 많지 않아 결국 저작물을 이용하고자 하는 경우 일일이 저작권자로부터 직접 허락을 받아야 한다는 점, 국내 여건상 용이하게 저작물의 이용허락을 받을 수 있는 제도가 제대로 마련되어 있지 않다는 점, 국내 여건상 저작권침해라는 인식 없이 관행적으로 다른 논문을 복사해 행정청에 참고자료로 첨부·제출하는 국내 여건을 고려할 때 저작권 침해의 폭을 제한할 필요가 있다는 점 등이 종합적으로 고려되어야 할 것이다.