베네시는 1935년 12월 18일 체코슬로바키아 공화국의 제 2대 대통령으로 취임했다. 그런데 이 당시 체코슬로바키아는 나치 독일의 팽창정책으로 인해 위협적 상황에 놓여 있었다. 이러한 상황에서 베네시는 국익을 우선시하는 정책을 펼쳤지만 그러한 것은 종종 주변 강대국들에 의해 차단되었다. 더욱이 영국과 프랑스를 비롯한 서유럽국가들이 유럽에서 패권을 장악하려던 히틀러를 의식하면서부터 체코슬로바키아의 상황은 더욱 악화되었고 그것은 국가해체라는 최악의 상황까지 초래시켰다. 이에 충격을 받은 베네시는 제 2차 세계대전이 끝난 후 서유럽보다는 소련의 도움을 받아 체코슬로바키아 재건에 나섰지만 여기서 그는 당시 스탈린의 의도를 정확히 파악하지 못하는 실수를 범했고 결국 체코슬로바키아는 소련의 위성국가로 전락하게 되는 불운을 맞이하게 되었다. 실제적으로 체코슬로바키아에서 공산당이 정권을 완전히 장악하기까지 얼마 안 걸렸는데 그것은 이 당이 소련의 적극적인 지원을 받았을 뿐만 아니라 당시 환영에 빠져있던 국민들로부터도 전폭적 지지를 받았기 때문이다. 그리고 당시 정치활동에 참여했던 비공산계열 정당들이 공산당과의 대립에서 의회 민주주의적 방법을 고수했던 것 역시 공산당의 정권장악에 크게 기여한 요인이라고 하겠다. 이렇게 정권을 장악한 이후 체코슬로바키아 공산당은 불법, 숙청, 그리고 체포를 정권유지에 필요한 수단으로 간주했고 거기서 이 당은 공산당 독재체제로의 전환과 사회의 혁명적 변화를 위해 강제 및 전횡이 반드시 필요하다는 것도 인지했다.