중앙행정기관의 세종시 이전으로 정부조직이 분산되면서 세종시 이전 부처와 서울 잔류 부처 공무원들 사이에 인식 분화가 나타나고 있다. 이는 조직의 성과에 부정적 영향을 미칠 수 있다는 점에서 이에 대한 세심한 검토와 적절한 대처가 중요하다고 판단된다. 본 논문은 이러한 문제의식을 가지고 세종시 이전으로 인한 공무원 집단 간 인식 분화 현상을 분석하고 정책적 함의를 제시하고자 하였다. 우선 세종시 이전과 공무원 인식 분화에 관련된 이론적 논의를 통해 분석틀을 설정하고 세종시 이전 부처 공무원들과 서울 잔류 부처 공무원들을 대상으로 설문조사와 면접조사를 실시하여 공무원 집단 간 인식 분화의 실제와 그 원인을 분석하였다. 설문분석 결과, 세종시 이전과 관련된 문항들에 대하여 이전 부처 공무원 집단과 잔류 부처 공무원 집단 간 인식 차이가 유의미하게 나타나 인식 분화의 실제를 확인하였다. 인터뷰분석 결과, 이러한 인식 분화의 직접적 원인으로 공무원 집단 간 소통 약화와 이해관계 변화를 확인할 수 있었다. 이러한 분석 결과를 토대로 정부조직 차원의 인적 통합 관리 계획의 마련, 소통 활성화를 위한 물리적 인프라의 개선, 부처 간 협력 및 조정 기제 활성화, 세종시의 생활 기반 확충 등의 대안을 제시하였다.