본 연구는 PCR-RFLP와 형광현미경을 이용한 화분관 검경방법을 통해 ‘슈퍼골드’, ‘신화’, ‘설원’의 자가불화합 인자를 확인하기 위해 수행하였다. 그 결과, 3개의 배 신품종 ‘슈퍼골드’, ‘신화’, ‘설원’의 자가불화합 유전자형을 S3S4, S3S5, S3S9로 각각확정하였다. SI gene specific primer에 의한 ‘슈퍼골드’와 ‘신화’의 PCR 결과 380 bp의 PCR product가 얻어졌다. ‘슈퍼골드’ PCR product는 S4 인자임을 확인할 수 있는 NdeⅠ에 의해 140 bp와 240 bp로 절단되었다. S3, S5 인자확인이 가능한 PpuMⅠ 에 의해서는 120 bp와 260 bp로 절단되었으나, S3 인자확인이가능한 AlwNⅠ으로는 절단되지 않았다. ‘신화’는 PpuMⅠ과AlwNⅠ에 의해 각각 120 bp와 260 bp 크기로 절단되고, 주두에서 채취한 200 bp 크기의 mRNA sequencing을 통해 S5 인자가있는 것을 확인하였다. SI gene specific primer에 의한 ‘설원’의PCR 결과 380 bp와 1,300 bp 크기의 산물이 얻어졌고, 그 중380bp의 PCR 산물은 ‘슈퍼골드’에서 확인된 S3 인자처럼 PpuM Ⅰ에 의해서만 120 bp와 260 bp로 절단되었고, 1,300 bp의 PCR 산물은 S9 인자 확인이 가능한 BstBⅠ에 의해 600 bp와 700 bp 로 절단되어 S9임을 확인하였다. 추가적으로 이미 자가불화합인자가 알려진 ‘황금배(S3S4)’ 또는 ‘신고(S3S9)’와 이들 세 품종의 화분을 이용하여 인공 교배한 후 화분관 신장을 관찰한 결과, 자가불화합 인자가 S3S4로 알려진 ‘황금배’와 ‘슈퍼골드’ 교배 조합, 자가불화합 인자가 S3S9로 알려진 ‘신고’와 ‘설원’ 교배조합의 암술대 내 화분관은 발아 신장하던 화분관의 선단이 비대하면서 신장이 정지하는 자가불화합 현상을 보였다. 또한, ‘황금배(S3S4)’와 ‘신화’를 교배한 주두에서는 일부 화분관은 신장을계속하지만 일부는 선단이 비대하며 신장이 정지하는 전형적인부분 불화합 현상을 보여 ‘신화’는 S3 인자를 보유하고 있음이 확인되었다.