2013년에 시범 운영되기 시작한 자유학기제는 2016년부터 전국의 모든 중학교에서 실시되고 있고, 이후 자유학년제로 확대됨으로써 중학교 교육의 질적인 변화를 이끌어 낼 수 있는 제도로 기대되고 있다. 그러나, 서열화된 고교 체제와 대입 경쟁이 그대로인 상황에서 학업성취도 저하에 대한 우려 역시 존재한다. 이 연구는 자유학기제에 대한 기대와 우려를 실증적으로 분석하기 위하여 경기교육종단연구 3~6차년도 데이터를 사용하여 2015년에 자유학기제를 경험한 학생들의 정의적 역량(내재적 학습동기, 자기효능감), 진로성숙도와 학업성취도, 사교육 시간이 미경험 학생들과 비교했을 때 종단적으로 어떤 변화를 보이는지 살펴보았다. 분석결과, 자유학기제 경험은 학생들의 정의적 역량(학습동기, 자기효능감), 진로성숙도에 별다른 영향을 주지 않았고, 중학교 1학년 국어과 학업성취도에만 부정적인 영향을 주었으며, 영어와 수학 학업성취도와 교과별 사교육 시간에도 별다른 영향을 주지 않는 것으로 나타났다. 혁신학교와 일반학교 표본을 분리하여 추가적으로 분석한 결과, 혁신학교 학생들이 자유학기제를 경험하는 경우 국어과 학업성취도가 높아지고, 일반학교 학생들은 이보다 큰 폭으로 낮아져서 자유학기제 경험 학생의 국어성취도가 평균적으로 낮게 나타난 것이 밝혀졌다. 본 연구의 계량적인 분석 결과로 2015년 한 학기간의 자유학기제가 교육적인 기대와 우려 사항에 심대한 영향을 끼치지는 않았음을 확인할 수 있었다. 이를 바탕으로 연구 결과의 시사점을 논의하고 후속 연구를 제언하였다.