국제적으로 기후변화에 대한 대응 및 생물다양성 증진 방안이 대두되면서 국내 정부 및 공공기관에서는 수변구역 등 법정 보호지역 내 생태계를 보전하고 수질개선을 위해 사유지를 매수하여 보전·복원사업을 추진하고 있으나, 매수시스템 체계가 미흡하여 다양한 문제점을 초래하고 있다. 이에 본 연구에서는 동강유역 생태·경관보전지역을 중심으로 생태성 평가를 통한 효율적이고 체계적인 토지매수시스템을 개발하였다. 생태성 평가는 필지단위의 평가와 권역별 평가를 통합하여 생태성 평가모형을 개발하고, 생태기능 종합등급을 설정함과 동시에 현장검증을 통해 최종 등급화 하였다. 88필지의 매수토지에 대해 검증한 결과, 85.2%이상의 비교적 높은 일치성을 보였으며 불일치한 필지는 생태성 평가와 현장검증 시 계절의 차이로 식생 고사, 경작물 수확 등 영향이 있었던 것으로 나타났다. 매수시스템은 멸종위기종과 핵심생태계에서의 거리를 기준으로 생태성 평가등급에 따라 1순위에서 9순위까지 순위를 선정하였으며, 동강유역 거운리, 문산리, 덕천리, 운치리, 귤암리, 가수리의 사유지를 대상으로 총 68필지에 대해 현장 검증 결과, 5순위까지 매수 우선순위가 체계적으로 도출되었다. 본 연구는 생태평가에 기반한 체계적인 토지매수시스템을 구축 및 제안함으로써 향후 보호지역 내 매수토지의 보전과 복원 및 생태적 관리에 일조할 것으로 기대된다.