일본 외무성의 주장을 보면, ⓐ 예로부터 일본은 독도를 인식하고 있었으나 한국은 인식하지 못하였다. ⓑ 일본은 17세기 중반에 독도의 영유권을 확립하였다. 그리고 ⓒ 1905년 각의결정을 통해 독도의 영유 의사를 재확인하였다. ⓓ 한국은 ‘이승만 라인’(평화선)에 의해 독도를 불법점거하고 있으며 일본은 이를 국제사법재판소에 부탁할 것을 제안하고 있으나 한국이 거부하고 있다는 것이다. 이와 같은 논리는 일본의 초중고 사회과 교과서에 그대로 반영되어 ‘다케시마는 17세기에 영유권이 확립된 일본 고유의 영토’이며, ‘한국이 불법점거’하고 있고, 이에 일본은 ‘평화적 해결을 위해 노력하고 있다’는 독도 영유권 주장의 기본 프레임을 구성하고 있다. 이러한 일본 주장의 논리는 ‘고유의 영토’인 독도를 1905년에 일본영토로 편입하여 이 고유영토를 ‘재확인’하였다는 것이다. 이는 과거 「무주지선점」의 논리를 앞세우던 것에서 ‘권원의 대체’라고 말을 바꾸어 새롭게 「고유영토론」의 논리를 재포장한 것에 불과한 것이다.
이와 관련한 츠카모토 다카시(塚本孝)의 주장에 대한 비판적 검토를 한 결과는 다음과 같다. 첫째, 나카이가 “리양코섬=독도를 조선영토라고 사고하고 있었다”는 것을 착각 또는 오해라고 하고 있으나, 해도와 수로지를 통해 나카이는 정확히 판단하고 있었다. 둘째, 1905년 이전 메이지 일본 정부는 태정관지령을 통해 울릉도와 독도가 일본의 판도 밖이며 조선의 영토로 간주하고 있었다는 한국 정부의 주장에 대해 여전히 「죽도외일도」가 울릉도와 또 하나의 울릉도라는 ‘1도설’을 주장하고 있다. 그러나 이것은 명백한 사료의 왜곡해석이다. 셋째, 당시 외교권이 박탈되어 군사적 강압 하에서 한국정부에 의한 어떤 반응이 없었다는 것으로 ‘무주지’를 합법적으로 편입하여 ‘평온하고도 계속적인 행정권을 행사’했다고도 말할 수 없다는 것이다. 또한 1905년 이전 관찬문서, 해도 및 수로지 등에서는 독도를 일본영토에서 취급하지 않고 있으므로 ‘고유영토’를 근대국제법 논리에 의해 영토편입을 하여 영유의사를 ‘재확인’했다는 것은 성립될 수 없다.