조세와 관련한 기본원칙으로서 헌법에는 조세법률주의와 조세평등주의가 규정되어 있다. 조세법률주의는 법률에 근거 없는 조세부담은 위법하다는 것이다. 하지만, 현대 국가에서는 끊임없이 새로운 거래방식이 발생하기 때문에, 조세부담과 관련한 모든 상황을 사전에 예상하여 입법하는 것은 불가능에 가깝다. 이러한 점에서 조세법률주의를 과도하게 요구하게 되면, 담세력이 있음에도 불구하고 조세를 부담하지 않게 되며, 이는 조세평등주의에 반하는 결과를 초래한다는 지적이 있다. 납세자가 조세를 부담해야 하는지 여부는 거래형식에 구애받을 것이 아니라, 그 거래행위의 실질에 따라 판단해야 조세공평을 실현할 수 있다고 하며, 그러한 수단으로써 세법상 실질과세가 언급된다.
본고에서는 조세법률주의와 조세평등주의의 관계 및 실질과세에 대해 우리나라와 일본의 법제도를 중심으로 비교법적 검토를 행하였다. 그리고 일본의 입법연혁에 있어 독일 세법이 관련되는 점에 대해서는 독일 제도를 함께 살펴보았다.
본고에서 살펴본 결과, 세법상 실질과세에 있어서 실질의 의미에 관한 법적 실질설과 경제적 실질설에 대한 대립은 세법의 적용영역에 있어서 사법상 인정된 사실인정을 세법에서도 그대로 인정할 것인지 여부에 따라 견해대립이 생기는 것으로 이해된다. 그리고 실질과세가 관련되는 세법상 조세회피에 대해 우리나라는 이에 관한 일반적 부인규정을 두고 있는데, 이는 결국 세법상의 사실인정은 사법상의 사실인정과는 별도로 행해질 수 있다는 이해에 입각한 것이다. 다만, 이러한 규정의 적용은 납세자의 예측가능성과 법적안정성을 해한다는 비판이 있다. 이러한 점에서 일본은 조세회피에 관한 일반적 부인규정을 두고 있지 않으며, 이는 세법에 별도의 규정이 없는 한, 사법상의 실질적인 사실관계를 바탕으로 세법을 적용하는 것이다.
납세자의 예측가능성과 법적안정성을 보장하면서 조세공평을 실현하기 위해서는 새로운 사례가 발생하는 경우, 이를 납세자들이 알 수 있도록 법령에 규정해 나가는 작업이 필요하다. 즉, 조세공평이라는 것은 세법의 입법원칙으로 작동하는 것이며, 조세법률주의에는 이러한 공평의 관념이 반영되어 입법이 행해져야 한다. 조세평등주의와 조세법률주의가 상충하는 관계가 아니라 상호보완적 관계에 있다고 하기 위해서는 조세평등주의가 조세법률주의의 내용으로 기능해야 하는 것이다. 양자가 이러한 관계로 이해되지 않고, 세법상 명문의 규정이 없는 경우에도 조세평등을 근거로 담세력만에 따른 과세를 인정하는 것은 결국 양자가 충돌하는 것을 전제로 하고 있는 것이며, 이러한 경우 양자가 상충되는 관계가 아니라고 하는 것은 논리상 모순된다.
과세관청이나 사법부의 자의적 과세로부터 납세자의 재산권을 보호하기 위해서는 조세법률주의와 조세평등주의를 상충되지 않는 관계로 보아야 한다. 새로운 거래관계가 발생하는 경우 조세공평만을 근거로 한 과세는 법률에 따른 과세가 아니라 공평이라는 이념에 따른 과세라는 점을 항상 주의해야 하며, 새로운 법령을 입법하는 작업을 지속적으로 행해야 할 것이다.