한일회담의 법적지위협정은 재일한국인의 영주권 문제, 강제퇴거 문제, 재산처리 문제 등에 대한 규정을 두고 있으며, 이를 통해서 재일한국인이 영주권을 획득할 수 있는 길이 열렸다. 그렇지만 이 협정 내용에 대해서는 재일한국인들의 평가는 긍정적이지 못했다. 그리고 한일회담에 반대했던 진영의 사람들은 물론이고, 이를 지지하며 한일회담을 촉구하던 사람들로부터도 불만이 표출되었다.
이러한 문제점들은 재일한국인의 법적지위협정 시행 과정을 통해서도 드러나기 시작했다. 이 과정에서 한국 정부는 처음에는 재일한국인이 대대로 일본에 영주할 수 있는 조치를 취해달라는 주장을 펼쳤지만, 결과적으로는 재일한국인의 형성과정에서 역사적인 책임이 있는 일본 정부가 무책임하게 재일한국인을 강제퇴거하려는 방침에 대해서 결과적으로 묵인하는 결과를 초래하였다. 특히, 법적지위협정의 제2조와 제3조의 내용 등은 일본 정부가 과연 재일한국인의 형성과정에 책임을 지고 있는 정부라고 한다면, 도저히 묵과할 수 없는 규정이었다는 사실을 법적지위협정 시행 기간 동안의 외교문서 내용을 통해서도 확인할 수 있었다.