중학교 자유학기제는 학생 참여 중심 수업, 과정 중심 평가, 다양한 체험 활동을 중학교 교육에 확산하는 변화를 가져왔다. 이러한 변화를 자유학기 이외의 일반적인 학기에도 지속하려는 교육부와 시·도교육청의 정책적 노력이 다양하게 나타났는데 이를 이 연구에서는 자유학기제 연계학기라고 칭하였다. 자유학기제 연계학기는 자유학기(또는 자유학년)와는 달리 성적 산출, 교육과정 편성 등에서 예외적인 적용을 받지 않기 때문에 자유학기와 일반학기의 특성을 동시에 갖고 있으나 그 운영에 대해 알려진 바는 많지 않다. 이 연구는 자유학기제 연계학기의 운영 모형에서 기대하는 빙식에 비추어 실제 그러한 방식으로 운영되고 있는지, 운영상의 과제는 무엇인지를 탐색하기 위하여 경기도 중학교 7개교를 대상으로, 자유학기제 담당 교사, 일반 교사, 학생 대상 면담을 실시하고 이들의 연계학기 운영 및 참여 경험을 분석하였다. 분석 결과, 자유학기제 연계학기는 교육과정 차원에서는 ‘아이들이 선택할 수 없는 주제선택 활동 편성’이, 수업 운영 차원에서는 ‘학생 활동 중심 수업 방식과 강의식 이론 중심 수업 방식의 혼재’가, 평가 차원에서는 ‘피드백이 부족한 과정 중심 평가’가, 자유학기 활동 차원에서는 ‘교과 간 융합보다는 단일 교과의 프로젝트나 심화로 운영되는 주제선택 활동’이 나타나고 있음을 확인하였다. 자유학기제 연계학기 운영을 위한 개선 방안으로 연구참여자들은 연계학기의 필요성에 대한 학교공동체 구성원의 공감대 형성 및 학교 문화 조성, 학교교육과정 운영자율성 강화를 위한 여건 조성 및 불필요한 지침 삭제, 학교별 교육과정 편성․운영을 위한 지원 및 협의 시스템 구축 등을 제안하였다. 이러한 연구 결과를 바탕으로 자유학기제 연계학기의 운영 개선을 위한 시사점을 논의하였다.