기업 경영에 대한 감사기능이 엄격하고 객관적으로 실행되기 위해서는 지배주주나 경영진으로부터 독립성이 확보되어야 한다. 이에 우리 상법은 감사 선임 과정에서 의결권을 제한하거나 사외이사에게 역할을 부여하는 등 독립성을 확보하는 장치를 마련하고 있다. 2020년에는 상법개정을 통해 감사위원이 되는 이사를 분리선임하도록 함으로써 지배주주의 영향력을 더욱 제한하였다. 다만 이사 선임에 대한 의결권 행사는 주주가 기업경영에 참여하기 위한 가장 핵심적 권리이다. 따라서 이사의 선임에 대한 주주의 의결권을 제한하는 것은 원칙적으로 인정되기 어렵고 유사한 입법례도 존재하지 않는다. 또한 기관투자자의 기업공격과 같은 부작용도 발생할 수 있다.
분리선임제도에 대한 비판과 별개로 감사기구의 독립성은 매우 중요한 요소임은 분명하다. 다만 독립성이 보장된 자가 감사위원 역할을 맡더라도 감사업무에 대한 이해와 역량이 미흡하다면 한계는 명확할 것이다. 이에 본 논문에서는 감사기구의 독립성보다는 전문성을 보완하는 방안에 초점을 맞춘다. 중요한 것은 내부감사조직의 역할이라고 보인다. 실효성 있는 업무감사를 위해서는 기업업무에 대한 이해가 필수적이지만 감사위원은 대부분 사외이사가 맡는 경우가 많다. 사외이사는 외부인이기 때문에 내부정보에 대한 접근성도 현저히 떨어질 수밖에 없다. 이에 내부감사조직의 적극적 지원이 요구되며 실무적으로는 지원으로 인한 불이익이 없도록 인사제도가 정비되어야 할 것이다. 나아가 주식회사의 목적은 어디까지나 이윤창출에 있지만 감사제도는 이윤창출에 기여한다고 인식되지 않는다. 따라서 기업이 효율적인 감사방식이나 절차를 자발적으로 고안할 것을 기대하기 어렵다. 이에 방법론적인 관점에서 감사업무와 관련된 구체적인 업무지침이 제공될 필요가 있다.