은행지주회사의 주주 구성에 가장 큰 영향을 미치고 있는 것은 금산분리에 따른 은행지주회사의 주식 소유제한이다. 4대 은행지주회사의 경우 금융주력자(및 비금융주력자인 연기금)인 동일인의 은행지주회사의 주식소유한도 10% 제한에 따라 최대주주인 국민연금공단(KB금융지주, 신한금융지주, 하나금융지주) 또는 우리사주조합(우리금융지주의 경우)의 지분율은 10%가 되지 않는다. 최근 우리금융지주의 최대주주였던 예금보험공사가 잔여지분을 매각하여 우리사주조합으로 최대주주가 변경된 것을 제외하면 은행지주회사의 최대주주의 자리는 국민연금공단이 변동 없이 지켜오고 있다.
은행지주회사의 주주 구성상 지배주주가 없으므로 주주총회의 안건 상정과 의결에 있어 영향력을 미칠 수 없다는 점에서 경영진에 대한 통제가 제대로 작동하기 어려울 수 있다. 은행지주회사 체제에서는 국민연금공단과 외국인 주주들의 의사결정에 영향을 미치는 의결권행사자문기관에 대해 직접·간접적으로 경영자에 대한 주주통제자로서의 역할을 기대하고 있다. 최근의 은행지주회사 정기주주총회에서 국민연금공단과 ISS의 반대의견에도 불구하고 안건이 그대로 가결되는 경우가 많아지면서 경영진에 대한 통제기능이 약해지고 있는 것은 아닌가 하는 우려가 든다. 이러한 현상은 국민연금공단과 의결권자문행사기관이 의사결정을 함에 있어 소액주주와 외국인 주주들의 실질적 이익을 충분히 고려할 필요가 있다는 것을 보여준다. 그러나 다른 한편으로는 은행지주회사의 최고경영자의 장기집권이 고착화할 가능성이 커진 것이 아닌가 하는 우려도 든다. 이와 관련하여 최고경영자 승계 관련 계획을 명확히 수립하고, 최고경영자 권한 행사를 투명하게 하고 이사회 기능의 실효성을 강화해야 할 것이다. 이와 함께 국민연금공단과 의결권 자문사, 노조 등은 은행지주회사의 경영에 대한 감시와 견제 기능을 충실히 해야 할 것이다.