상장회사는 주식회사로서의 지배구조 및 재무관리에 관하여 상법의 주식회사에 대한 일반규정, 상법의 상장회사에 대한 특례규정 및 자본시장법의 상장회사에 대한 특례규정의 적용을 받는다. 이처럼 복잡한 상장회사에 관련된 회사법 체계는 수범자와 집행자 모두에게 상당한 혼란과 불확실성을 야기한다.
우선 상법상 상장회사 특례규정에 관하여 보면, 최근의 상법 개정에도 불구하고 일부 조항에 관하여는 상법 회사편의 일반규정과 상장회사 특례규정의 상관관계에 대한 해석을 둘러싼 논란이 여전히 남아있다는 점, 현재 회사법의 수범자나 법집행자 입장에서는 상장회사에 관한 한 일반규정 이외에 그로부터 조문배치상 멀리 떨어져 있는 상장회사 특례규정을 별도의 격리된 절에서 교차비교하면서 파악해야 하는데 이는 어떤 회사법 사항에 대한 일반규정과 특칙규정의 관계를 명확하게 이해하는 데 장애를 초래한다는 점, 상장회사에 대한 특례규정은 한편으로는 지배구조를 개선하기 위하여 소수주주를 보호하고 경영의 투명성을 강화함과 동시에 일정 부분에서는 규제를 완화하여 회사로 하여금 회사운영과 재무관리의 효율성을 증대시킬 수 있도록 함으로써 상장을 유도할 수 있어야 함에도 현재의 상장회사 특례규정은 지나치게 지배구조 강화에만 초점이 맞춰져 있어서 상장의 유인을 약화시킬 수 있다는 점 등은 현행의 상법상 상장회사 특례규정의 전반적인 구성이나 체계의 문제점으로 지적할 수 있겠다.
다음으로, 자본시장법상 상장회사 특례규정에 관하여 보면, 본질적으로 회사법 사항인 상장회사의 재무관리에 관한 특례규정을 금융투자업에 대한 규제법과 강학상 증권법을 포괄하는 자본시장법에 이질적으로 배치하게 된 주된 논거(즉 상장회사 특례규정이 당초 구 증권거래법과 자본시장법 및 그 전신(前身)에 해당하는 법률에서 유래하였다는 입법 연혁적 이유, 그리고 경제부처가 관장하는 법에 상장회사에 관한 특례규정을 배치해야만 기업의 법제 수요에 신속하고 탄력적으로 대응할 수 있다는 경제현실적 논리 등)는 이제 설득력이 많이 떨어졌다. 그리고 무엇보다 자본시장법상 상장회사 특례규정은 자본시장법 제정 당시와 비교하여 현재는 한 국가의 중요한 단행법 중 하나인 자본시장법의 독립된 장을 차지하기에는 그 내용도 과거에 비해 빈약해지고 지엽적이며 그 구성이나 체계 및 규율대상에 일관성도 없다. 이러한 점들을 감안하면, 이제 자본시장법상 상장회사 특례규정에 관한 독립된 장은 그 효용을 상실한 것 아닌가 판단된다.
이러한 문제를 개선하기 위해, 자본시장법상 상장회사 특례규정과 함께 상법상 상장회사 특례규정을 상법 회사편의 제1절 내지 제12절까지의 일반규정으로 옮기되, 관련된 개별 조항에서 기존의 일반적인 내용에 연이어 상장회사에 대한 특칙 사항을 규정하고, 필요할 경우 그 둘 사이의 경합관계 내지 적용관계를 해당 조항에서 개별적으로 명시할 필요도 있겠다. 또한 그와 같이 상장회사 특례규정의 전반적인 체계와 구성을 정비하는 과정에서 상장회사 특례규정이 왜 필요한지에 대한 진지한 고찰과 함께 그 본래의 취지와 목적에 미흡한 부분에 대한 내용적 보완도 병행되어야 할 것이다.