법인세법상 업무무관비용의 손금불산입 규정에서는 법인의 ‘업무’가 무엇인지, ‘직접 사용’하였는지의 2가지 기준이 사용되고 있다. 그런데 현행법에 의하면 부동산 사용 시점의 기준인 ‘직접 사용’여부로 취득 시점에 업무무관부동산인지 여부를 소급하여 판단하고 있어 여러 가지 문제점이 발생한다. 또한 법인의 ‘업무’는 부동산 등기부 등본 상 목적사업에 등재된 것을 기초로 형식적으로 판단하기에 실질적인 법인의 업무와는 괴리가 있을 수 있고, ‘직접 사용’ 개념에 대해서는 명확한 정의 규정이 없다.
한편 지방세특례제한법에서도 ‘업무’와 ‘직접 사용’개념을 사용하지만 법인세법과 같은 문제는 발생하지 않는다. 또한 수차례에 걸친 법의 개정으로 직접 사용 및 추징요건 규정을 명확히 하고자 하는 시도를 하고 있다.
현행 법인세법상의 판단기준으로 인한 문제점을 완화하기 위해서는 우선 업무무관자산의 취득시점과 사용시점의 기준을 이원화하여 각각 업무무관자산과 업무무관지출로 구분하여야 한다. 그리고 법인세법상 손금불산입 규정은 정책적 목적을 위해 수혜를 주고자 하는 지방세특례제한법과는 그 취지가 다르므로, 취득시점과 사용시점의 기준인‘업무’와 ‘직접 사용’의 개념을 좁게 해석할 필요가 없다. 취득시점은 등기부등본상 목적사업과 관계없이 법인이 실제 하는 업무와 관련성이 있는 자산인지 살펴보고, 사용시점은 물적 사용의 관점에서 제 3자가 사용하더라도 법인의 업무에 공하여진다면 직접 사용하는 것으로 보아야 한다.