국회는 2002년 「토지수용법」과 「공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법」을 통합하여 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」을 제정하였다. 그럼에도 불구하고 공용수용개시를 위한 사업인정 및 사업인정의제 시 공익성이 미흡한 사업에 대한 사업인정의 경우가 적지 않아 국민의 재산권보호에 문제가 발생한다는 지적이 없지 않았다. 그 결과 2015년과 2018년에 걸친 두 번의 개정을 통해 공용수용의 대상이 되는 공익사업의 범위를 한정하고, 국토교통부가 아닌 여타 부처가 주도하는 사업 관련 사업인정 의제 시에는 중앙토지수용위원회와 협의절차를 거치도록 하였다. 당해 협의절차는 공익사업 인・허가 처분청으로 하여금 중앙토지수용위원회의 공익성 판단 관련 의견을 적극적으로 수용하도록 하는 역할을 수행하여 국민의 재산권 보장에 어느 정도 도움이 될 수 있었다.
그와 관련하여 민간 사업시행자와 토지소유자 사이의 갈등의 소지가 큰 사업의 경우 중토위가 관련 부처 및 사업시행자와의 협의절차 과정에서 사업시행자가 수용재결을 신청할 수 있는 요건을 강화하는 내용의 조건을 붙인 ‘조건부 동의’를 하는 경우가 적지 않았다. 그런데 일단 사업인정을 받고자 하는 취지에서 높은 조건부 협의취득률을 제시하여 당해 내용으로 조건부 동의를 받은 사업시행자가 추후 그 조건부 협의취득률을 달성하지 못하는 경우가 발생하기 시작하였다. 그러한 경우 수용재결을 할 수 없게 된다. 다만, 조건부협의취득율을 달성하지 못하는 경우에도 예외적으로 수용재결이 가능하거나 가능여부가 다투어지는 경우가 있다.
첫째, 중앙・지방토지수용위원회는 조건부 협의취득률이 달성되지 못한 경우에도 소유자가 과도한 보상요구를 한 경우에는 예외적으로 수용재결신청을 심리하도록 하고 있다. 그 결과 소유자가 과도한 보상요구를 하는 경우에 해당하는지 여부에 대하여 다툼이 발생하는 경우가 적지 않다. 그 판단이 쉽지 아니하자 일부 지방토지수용위원회는 과도한 보상요구에 해당하는지 여부에 대한 통일적 기준 설정을 하고자 하는 움직임을 보이고 있고, 그 일환으로 행정준칙을 마련하고자 하고 있다. 그러나 그는 토지소유자에게 일방적으로 불리하게 작용할 가능성이 높아 적절하지 아니한 것으로 판단된다.
둘째, 재결신청시에는 협의취득률을 달성하지 못하였으나, 재결심리 과정에서 달성하는 경우가 있는데 그 경우 수용재결이 가능한지 여부가 다투어진다. 지방토지수용위원회는 재결 시점까지 협의취득률을 달성하면 재결신청요건을 충족한 것으로 인정하고 있다. 그러나 그러한 판단은 사업자들이 시간이 자신의 편이라는 생각하에 일단 재결신청을 하고 보자는 접근을 하도록 유도하는 반면, 그만큼 토지소유자들에게 심리적 압박을 받게 할 가능성이 있다는 점에서 부적절하다.
셋째, 협의취득율을 달성하지 못한 상태에서, 토지소유자가 재결신청청구권을 행사하는 경우가 있다. 그 경우 협의취득율을 달성하지 못하였다는 점에서는 수용재결을 할 수 없는 것으로 볼 여지가 있지만, 재결신청청구권행사로 인한 민간 사업시행자의 수용재결신청 시에는 협의취득률 달성 여부와 무관하게 심리 및 재결을 하는 것이 적절하다.