행정기본법은 행정상 강제와 관련하여 행정대집행, 이행강제금의 부과, 직접강제, 강제징수, 즉시강제 등 5가지 제도를 병렬적으로 나열하고 있고, 이행강제금의 부과, 직접강제, 즉시강제 등 3가지 제도의 총칙적 규정을 마련하였다.
행정대집행은 그 실행과정에서 인권침해의 문제, 대집행이 잘 활용되지 않는 문제 등이 언급된다. ‘용산 참사’ 사건 이후 행정대집행법은 일부 개선 조항을 마련하였으나, 이것만으로는 궁극적 해결방안이 될 수 없다. 신체에 대한 물리력 행사는 대집행에 포함된다고 할 수 없고, 경찰에 응원 요청 또한 엄격한 절차에 따라 집행될 필요가 있는바, 행정대집행법 자체에 실력으로 저항을 배제하는 것에 관한 명문의 근거 조항을 마련해야 한다. 대집행의 활용과 관련하여 비용액 산정의 경우 지방자치단체별로 구체적 산정기준이나 부과 대상의 범위 등을 두어 불필요한 혼란을 방지할 필요가 있다.
이행강제금은 실무상 그 불복방안에 대해 논의가 있다. 이행강제금의 부과는 행정행위에 해당하여 원칙적 불복방안은 행정쟁송으로 볼 수도 있다. 그러나 국민의 권리구제 차원에서 불복방안은 가급적 신속히 보장될 필요가 있으므로 이행강제금에 대한 불복방안을 비송사건절차에 따르도록 통일시킬 필요가 있다. 아울러 대집행과 이행강제금의 중첩적 제재 여부와 관련하여 행정청은 합리적인 재량의 범위에서 선택할 수 있다고 보아야 한다. 물론 피해의 최소성 원칙을 준수하기 위해 이행강제금 부과 금액, 횟수 및 반복가능성 등을 엄격히 제한해야 한다.
직접강제의 경우 그 제한의 강도가 높음에도 불구하고 그 요건이나 절차 조항이 미흡하다는 비판이 적지 않다. 행정기본법의 최소한의 공통적 요건과 함께 개별 법규에서 인권침해의 도구로 악용되지 않도록 보다 면밀한 입법적 정비가 필요하다. 또한 청문 절차를 필수적 절차로 통일화하는 방안도 고려할 수 있다.
강제징수의 경우 민사집행 절차와의 차이점으로 인한 불이익, 행정상 강제징수의 대상을 정하는 기준이 없다는 점이 문제점으로 언급된다. 행정상 강제징수 절차인지, 민사상 집행절차인지는 해당 국민의 권리의무에 지대한 영향을 미치는 만큼 행정상 강제징수 대상을 설정하는 기준을 명확히 해야 한다.
즉시강제는 대집행 등 다른 강제수단과 사이에 구분이 불명확하고, 행정조사와 즉시강제가 혼합되어 그 법적 성격을 구분하기 어렵다는 비판이 있다. 아울러 직접강제, 즉시강제의 경우 국민의 신체, 재산에 대한 실력행사가 수반되므로 영장주의의 적용 여부가 문제된다. 헌법상 영장주의의 취지에 의할 때 행정상 직접강제, 즉시강제가 인신의 구속, 압수, 수색 등 국민의 중요한 법익에 대한 중대한 침해에 해당할 경우 원칙적으로 영장주의가 적용된다고 봄이 타당하다.