본 연구는 코로나 상황 속 질병관리청 사례를 중심으로 전문행정기관이 참여하는 정책 결정 과정의 실제와 한계를 탐구한다. 전문행정기관이 고도의 전문성에 기반한 의견을 자유롭게 제시하고, 정치권력의 의사결정을 합리적으로 보조하기 위해서는 무엇이 필요한지 살펴보기 위해 질병관리청 관료를 대상으로 한 심층 인터뷰 및 신문기사 분석을 시행하였다. 분석 결과, 행정기관의 전문적 판단을 존중받기 위해서는 기존 관료제의 제약에서 벗어난 유연한 인재 채용, 데이터 공개를 통한 외부 의견 수렴 및 분석의 합리성 강화, 엽관제적 임용과 해임의 축소가 중요하였다. 또한, 전문성이 무엇보다 중요한 의사결정 상황에서도 필연적으로 수반되는 정치적 제약을 뛰어넘기 위해서는 대중을 이해시킬 수 있는 민주적 합의와 설득이 필연적이라는 점을 발견하였다.