본 연구는 특별교부금으로 운용되는 세부 사업수요별 운용 실태를 분석하고 주요 쟁점 및 개선방안을 제시하기 위해 수행되었다. 이를 위해 2013년부터 2022년까지의 국가시책수요, 지역현안수요 및 재해대책수요 특별교부금 운용자료를 세부 내역별로 정리하였고 자율성, 합리성, 효율성의 관점에서 분석하였다. 주요 분석결과에 의하면 특별교부금 총액은 내국세와 연동되어 증감을 반복하는 가운데, 국가시책사업은 세부사업별로 안정적 구조를 지니고 있다고 보기 어려우며 시도교육청의 자율성을 제한하고, 지역교육현안수요 배분 과정 및 재해대책수요의 합목적성 결여, 특별교부금 관리 운영의 합리성 및 효율성 측면에서 쟁점 및 문제점이 해결되지 않고 있는 것으로 나타났다. 이러한 문제를 해결하기 위해 본 연구에서는 보통교부금과의 관계 구조 측면에서 특별교부금 규모 축소, 특별교부금 사업 운용 기준 마련 및 성과평가 내실화 등을 제언하였다.