본 연구의 목적은 임무지향형 혁신의 개념적 이상을 기준으로 한국 정부출연연구기관의 임무지향형 혁신의 실제를 분석함으로써, 정부출연연구기관의 임무지향형 혁신체제 구축방안에 관한 정책제언을 제시하는 것이다. 임무지향형 혁신체제는 국가적 난제 해결을 이의 임무로 설정하고, 이를 달성하기 위한 과학기술 혁신계획이나 R&D 사업 등을 포함한다. 임무지향형 혁신체계에 대한 인식분석은 과학기술분야 정부출연연구기관 소속 구성원을 대상으로 임무지향형 혁신체제에 대한 인지도, 그리고 정부출연연구기관의 임무지향성 정도 등에 대한 평가 등을 조사・분석하였다. 인식분석 결과에 따르면, 출연연의 임무 선정에서 중요하게 고려되어야 할 요소는 사회・경제적 난제와의 관련성, 사회경제적인 영향력, R&D 혁신을 통한 시스템적 변화 가능성 등의 순으로 나타났다. 임무지향적 혁신정책 추진체계 구축과 관련하여, 장기적 관점, 임무 중심의 조직구성, 다양한 부문・행위자 간 네트워킹, 다학제적 접근, 혁신 중심의 의사결정 등이 중요하게 고려되어야 할 것으로 분석되었다. 본 연구는 출연연의 임무지향형 혁신체제 구축방안으로 출연연의 목표와 임무 설정, 출연연의 역할 재정립, 추진체계로서의 거버넌스 혁신, 정책수단으로서의 모듈식 정책, 전주기 시민참여의 필요성 등을 제안하였다.