검찰개혁논의는 지난 수십년 동안 계속되어 왔으며 최근 몇 년 사이에는 소위 검찰개혁 입법이 대대적으로 이루어졌다. 그러한 입법은 소송법과 조직법률의 일부 개정이나 다른 기구의 설치를 통해서 사회공학적으로 형사사법체계를 변화시킬 수 있다는 관점 하에서 진행되었으나, 복잡한 현대사회에서 역사적, 구조적으로 형성되어온 형사사법체계를 일부 실정법의 입법적 변화만으로 수정하는 것은 극히 어렵다. Niklas Luhmann의 체계이론(die Systemtheorie)을 검찰 개혁입법에 적용해보면 그 이유를 파악할 수 있다. 첫째, 우리 형사사법체계는 고소, 고발제도와 공판전예비증거조사절차인 강제수사절차를 전제로 하는 직권주의적 형사사법체계임에도그 하위 형사사법체계인 검찰에 대한 개혁입법들은 그러한 직권적 형사사법체계의 구조와 모순되거나 비체계적인 방향으로 이루어졌기 때문에 상쇄효과나 예기치 못한 부작용의 파급효과를 낳게 되었다. 둘째, 체계의 변화를 의도하는 검찰에 대한 형사사법정책은 검찰 구성원들의 인센티브, 기대구조, 직업적 에토스와 사유양식 등을 파악하여, 실정법의 변화가 검찰 조직 구성원에게 가져올 심리, 사유, 정체성 등의 변화를 고려하여야 하였음에도, 입법 과정에서 전혀 고려되지 않았다.
소위 개혁입법들은 형사소송의 3대 이념을 조화롭게 달성하는데 필요한 고려들을 충분히 하지 못한 채, 종래 표준적 모델이던 준사법관 모델을 폐기하고, 검찰은 조직의 권력을 유지하고 확장하려는 권력기관이라는 권력모델의 관점에서 검찰의 권력을 분산하는 것에만 관심을 집중하였다. 또한 검찰의 권력을 분산하기 위한 도구로서 우리 형사사법체계와 정합되지 않는 영미법계 형사사법체계의 일부 요소들을 도입하였다. 이로 말미암아 그 입법이 표면적으로 의도한 목적들은 기존 형사사법체계와 상쇄되어 효과가 제대로 드러나지 않았을 뿐만 아니라, 우리 형사사법체계에 신속성과 효율성의 저해라는 심각한 부작용을 초래하였다.
따라서 검찰에 대한 형사사법정책학은 권력모델에 입각하여 법률 개정만을 추구하는 것이 아니라 우리 사회체계 및 형사사법체계의 구조와 특성을 고려한 정합적이고 체계적인 연구이어야 하며, 기존 제도 내에서 검찰 구성원이 가지는 기대구조, 인센티브와 사유양식을 포함한 포괄적이고, 실증적이며 경험적인 연구에 집중할 필요가 있다. 또한 검찰 스스로도 중, 장기 형사사법정책을 우선순위로서 추진할 필요가있다. 그것은 장기적으로는 우리 실무를 원래의 준사법관 모델에 근접하도록 준사법관 모델의 강화를 지속적, 선제적으로 추진하는 것이며, 단기적으로는 개혁입법이 초래한 역기능을 해소함으로써, 우리 형사사법체계의 효율성과 지속가능성을 보장하는 것이다.