대상판결의 주요 쟁점은 영농손실보상의 법적 성질과 판단기준, 영농손실보상의 산정근거, 그리고 영농손실보상의 소송형식 등이다. 대법원은 영농손실보상을 간접보상이자 생활보상으로 보고 있다. 그러나 토지보상법 제77 조에서 말하는 농업의 손실(영농손실)이 생활보상이라고 보기는 어렵다. 토지의 수용으로 인한 농작물의 손실은 토지 외의 손실에 해당하며, 이는 재산권보상이다. 대상판결에서 문제가 되는 것은 수용으로 인해 영농을 더 이상할 수 없는 피해에 대한 손실보상이다. 이는 생활보상의 문제이다. 그러나 이를 간접보상으로 보는 것은 적절하지 않다. 간접손실보상은 사업시행지구 밖에서 발생하는 손실에 대한 보상이다. 이 사건의 토지 위에 발생한 농업의 손실은 공익사업시행지구에 편입되어 있다는 점에서 ‘간접손실보상’에 해당하지아니한다. 대상판결은 영농손실보상을 헌법 제23조 제3항의 정당한 보상, 즉완전한 보상과 구별하면서도, 영농손실보상에 대하여 ‘특별한 희생’이라는 기준을 사용하고 있다. 독일에서 유래된 ‘특별한 희생’이라는 기준을 생활보상에 그대로 적용하는 것이 적절한지에 대해서는 재고될 필요가 있다. 생활보상은 헌법 제34조에 근거하고 있으며, 그 보상의 요건이나 범위는 법률에 규정되어 있어야 한다. 대상판결은 ‘특별한 희생’이라는 기준을 사용하면서도, 특별한 희생과 관련된 학설 중 어떠한 견해를 따르는지가 명확하지 않다. 대법원은 보상의 기준이 되는 ‘특별한 희생’을 개별 사례에서 여러 가지의 상황을 고려하여 그때그때 판단하고 있지만, 이러한 기준을 그대로 사용하려면 객관적이고 통일된 기준을 마련할 필요가 있다. 독일에서는 근래에 공식화된 수용 개념을 확립하고, 공용수용의 요건을 명확히 하고 있다. 국토교통부 고시인 ‘농작물실제소득인정기준’을 예시적으로 해석하더라도 그 조항의 문맥상 ‘농작물실제소득인정기준’에서 인정하지 아니한 경우를 포함하는 것은 법률해석의 범위를 넘어서는 것이다. 대상판결에서는 영농손실보상에 대한 소송형식이 명확하지 않다. 그러나 종전의 판례와 달리 재결전치주의를 요구하고 있지 않다. 대상판결은 앞으로 영농손실보상에 관한 중요한 선례가 될 것이다. 그러나 앞에서 언급된 불명확하거나 모호한 부분에 대해서는 학계의 다각적인 논의를 통해 충실히 보완될 것을 기대해 본다.