2023년 여름, 대한민국에서는 헌법기관인 중앙선거관리원회와 감사원을 비롯한 법률기관인 국민권익위원회 및 방송통신위원회 등 독립행정기관에 대한 관심이 그 어느 때보다 뜨거웠다. 이 중 국민권익위원회는 불합리한 행정으로 인한 국민의 권익침해를 신속하게 해결하고 부패행위를 효과적으로 예방하기 위한 목적으로 「부패방지 및 국민권익위원회의 설치와 운영에 관한 법률」(이하 ‘부패방지권익위법’이라 함)에 따라 국민고충처리위원회(고충처리), 국가청렴위원회(부패 방지), 국무총리행정심판위원회(행정심판)의 3개 기관을 통합하여 2008년 2월 29일 출범한 국무총리 소속 독립행정기관이다.
국민권익위원회는 행정심판과 관련한 재결 기능은 준사법적(準司法的) 성격이 있을 뿐만 아니라 고충 민원과 부패 방지에 관한 업무 역시 본질상 행정권을 감시하고 견제하는 기능을 수행하기 때문에, 그리고 이러한 권익에는 여러 사람이 관여되므로 업무의 공정성을 요한다. 또한 무엇보다도 위계질서 속의 조직인 행정부 내에서 구제 기능이 수행되므로 상위 기관이나 다른 국가기관들의 압력을 받지 않아야 한다는 점에서는 독립성이 요구된다. 그러나 현실에서 국민권익위원회의 독립성이 보장 여부는 논란이 되고 있다. 그리고 이러한 논란의 대부분은 기능적 통합을 이룰 수 없는 기관 간의 통합에서 비롯된 태생적 한계로 보여진다. 이러한 태생적 한계를 극복하고 국민권익위원회의 지위나 기능을 검토했을 때 가장 바람직한 형태는 기능별 분리가 이루어지고 현재의 부패 방지 기능에 중점을 둔, 독립성을 지닌 부패 전담 기구로서의 국민권익위원회이다.
정부의 조직 개편은 정부의 조직구조에 의식적인 변화를 가하는 것이다. 이러한 정부 조직 개편에서는 제도의 목적과 절차, 조직, 운영, 상호보완성 등 제반 사정이 종합적으로 고려되어야 하며, 미래지향적 과제 수행을 위한 적합한 조직 형태로 설계되어야 한다. 이를 전제로 한 개편이야말로 해당 기관에 요구되는 독립성을 보장하는 길이라 생각된다.