지방자치단체에 인권 제도가 도입된 이래 전체 지방자치단체 중 절반 넘는 곳에서 인권기본조례를 제정하였으며, 상당수의 지방정부에서 조례에 근거하여 인권 구제 업무를 시행하고 있다. 인권 구제 업무는 인권팀이나 인권센터, 인권보호관 등 이른바 인권 구제 전담기구의 주요업무로 자리 잡아 가고 있으며 그 운영 형태와 성과는 각 지방정부별로 다양한 양태를 띠고있다. 특히 지방정부에서 운영하고 있는 인권제도 중 인권보호관 제도는 해당 지역에서 발생하는 인권침해사건에 대해 신속하고 효율적으로 구제하기 위해 도입되었으며, 광역 지방정부는 물론 일부 기초 지방정부로 확산되었다. 더 나아가 각 지역 교육청에서는 학생 인권 보호 중심의 학생인권조례를 제정하여 운영해 왔는데, 학생 인권에 대한 강조가 최근에는 교권 보호 문제와 충돌 하면서 상당한 논란이 일고 있다. 지방자치단체에서 인권보호관 제도의 구체적 운영 현황을 보면, 지역 주민들의 인권침해 사건을 상담・조사하여 사전에 문제를 해결하거나, 이를 근거로 시정권고나 의견 표명 등의 인권 구제 업무를 시행하고 있다. 이에 더하여 인권보호관 제도는 인권 침해의 예방뿐만 아니라 재발을 방지하는 기능을 함으로써 국가인권위원회와 더불어 인권보장 체계를 더욱 공고히 하고 있다는 평가를 받고 있다. 그럼에도 불구하고 조례에 근거를 두고 운영되고 있는 인권보호관 제도가 가지고 있는 태생적 한계점과 미숙한 운영 과정에서 파생되고 있는 여러 가지 문제점이 상존하고 있는 상황이다. 본 글에서는 지난 10여 년 동안 각 지방정부 차원에서 운영되어 온 인권보호관 제도를 중심으로 인권구제 업무의 현황 파악과 운영상의 문제점을 진단하였다. 이를 토대로 지방정부의 인권보호관 제도가 실효성을 갖춘 제도로 거듭나기 위해서 필요한 향후 과제로, 법규범 정비 등 제도개선, 전문인력 충원 및 훈련 강화, 독립성 향상, 그리고 인권 거버넌스 구축 방향 등에 대해 논의하였다.