공정거래법에 따른 조사는 행정조사이고 이는 기본적으로 상대방의 동의를 전제로 하는 임의조사임에도 상대방이 조사거부나 방해를 하는 경우 형벌과 과태료 부과가 이루어진다는 점에 특징이 있다.
공정거래법 제124조 제1항 제13호, 제125조 제6, 7호를 비롯하여 공정거래법 규정이 조사방해나 자료미제출 행위에 대한 제재를 종전의 과태료에서 형벌로 변경함에 따라 공정거래법상 조사방해죄의 성격, 그 요건과 해석을 두고 어려운 문제가 발생하고 있다. 이러한 형벌 부과는 임의조사인 공정거래위원회의 조사를 실질적으로 변경하는 것으로서 그 조사의 성격과 맞지 않는 측면이 있다. 실제 조사방해가 문제된 여러 사건에서 조사방해죄의 구성요건을 두고 논란이 발생한 바도 있다.
공정거래법상 조사는 필요성이 소명되는 경우에 이루어져야 하므로 혐의사실이 특정되어야 하고, 조사목적에 부합하는 범위 내에서 조사가 이루어져야 한다. 필요한 최소 범위 내에서 조사가 이루어지고, 가능한 침익성이 적은 방법으로 실시되어야 한다. 공정거래위원회의 조사가 위법한 경우에는 그에 대한 조사방해가 인정되지 않으므로 과태료나 형벌을 부과할 수 없다.
특히 공정거래법 제124조 제13호는 공정거래위원회의 조사가 피조사업체의 동의를 기초로 한 임의조사임에도 불구하고, 이를 거부하는 경우 단순한 질서벌인 과태료가 아닌 형벌을 가하는 것으로써, 동 규정으로 인하여 ‘동의’가 사실상 강제되어 임의조사인 공정거래위원회의 조사를 영장 없이 강제조사로 변경할 우려가 있다. 따라서 조사방해에 대한 의도가 명백하고 조사방해의 결과가 발생하는 등에 위 규정을 적용함으로써 헌법에 합치되게 제한적으로 해석하여 적용할 필요가 있다.