현재 안전규격이 설정되어 있지 않은 발효차에 대하여 중금속, 농약 등의 환경오염물질과 유해 발효부산물에 대한 안전관리 진단항목을 개발하기 위하여 미생물 발효차에 대한 전반적인 실태 및 제외국의 관리항목을 조사하였다. 그 결과, 농약의 경우 현재 일본과 EU 등의 국가에서는 200여종 이상의 농약 품목을 관리하고 있었다. 이러한 추세에 비추어 우리나라에서도 현재 차에 대한 규격설정인 26종에 대폭 추가하여 최소 200여종 이상의 항목을 대상으로 진단해보는 것이 바람직하다고 생각되어 총 226종의 농약진단 항목을 설정하고 이에 대한 동시분석 진단체계를 확립하였다. 또한, 중금속의 경우도 현재 설정되어 있는 납 (Pb) 이외에 수은 (Hg), 카드뮴 (Cd), 비소 (As), 크롬(Cr) 등을 추가하여 모니터링 할 필요성이 제시되었으며 이에 따라 이들 5종의 중금속에 대한 진단체계를 확립하였다. 유해 발효부산물의 경우, 발효차의 생육 미생물을 모니터링 한 결과, Aspergillus와 Penicillium 의 곰팡이가 미생물 발효차의 주요미생물로 판단되어 이들 미생물이 생산할 수 있는 곰팡이 독소인 aflatoxin, ochratoxin, patulin의 진단이 필요하다고 생각되었다. 이들 곰팡이는 발효차의 생산과정 뿐 아니라 유통과정 중에도 번식의 가능성이 있을 것으로 판단되어 곰팡이 독소인 aflatoxin, ochratoxin, patulin의 진단체계를 확립하였다. 본 연구에서 확립된 진단체계를 이용하여 80종의 미생물 발효차를 선별하고 환경오염물질 및 유해 대사산물에 대한 분석을 실시한 결과, 14종의 발효차에서 permethrin, cyhalothrin, cypermethrin, fevalerate, BHC, fenvalerate, fluquinconazole 등 7 품목의 잔류 농약이 0.1~3.5 ppm 수준으로 검출되었다. 또한 일부 발효차에서 CODEx, EU 및 일본의 선진국 기준 이상의 잔류량(BHC: 0.45 ppm, 0.21 ppm; Fluquinconazole: 0.51 ppm)이 검출되어 이러한 품목에 대한 허용기준을 설정하는 것이 시급한 과제라고 생각되었으며 궁극적으로는 EU 및 일본과 같이 잔류농약 허용기준을 200여종 이상까지 확대함과 동시에 positive list제를 실시하는 것이 바람직하다고 생각되었다. 중금속의 경우 카드뮴(Cd)은 0.0004~0.0287mg/kg, 크롬(Cr)은 0.001~3.5917mg/kg, 비소(As)는 0.0001~0.6910mg/kg, 납(Pb)은 0.0004~1.3856mg/kg, 수은(Hg)은 0.0017~0.0665mg/kg의 수준으로 검출되어 대부분 codex 기준치 이하의 수준이었다. 또한, 크롬의 경우 잔류량 자체가 설정되어 있지 않기 때문에 이에 대한 조정이 필요하다고 생각되었다. 미생물 독소의 경우 4종의 발효차에서 aflatoxin B2 그리고 1종의 발효차에서 aflatoxin B2와 G1이 0.47~1.85㎍/kg수준으로 검출되어 심각하게 우려할 상황은 아니나 계속적인 관리가 필요하다고 생각되었다. 이상의 본연구의 결과 및 CODEX, 선진국 등의 기준을 바탕으로 하여 미생물발효차의 환경오염물질 및 유해대사산물에 대한 기준 규격을 제안하였다.