조류 인플루엔자 바이러스 중 일부 H5와 H7형에서 나타나는 고병원성 조류인플루엔자 바이러스(HPAI)는 가금류에 감염 시 높은 폐사율을 보이며 국가적으로 많은 경제적 피해를 주는 것으로 알려져 있으며, HPAI와 더불어 H9형 저병원성 조류인플루엔자 바이러스(LPAI)는 산란계 농가 등에서 많은 피해를 일으킬 뿐 아니라 HPAI와 함께 사람으로의 감염에 대한 보고가 이루어지고 있으므로, 조기 검색을 통한 초동 대처를 위해 신속하고 정확한 진단 시스템이 필요한 실정이다. 본 연구과제에서는 신속하고 경제적인 HA유전자(H5, H7, H9형) 및 NA유전자(N1, N2, N3)에 대한 subtyping과 pathotyping이 가능한 진단용 microarray를 개발하고 제작된 유전자칩의 진단효율 및 경제성 분석을 실시하고자 한다. 조류인플루엔자 바이러스의 유전자 분석을 위해 유전자 database를 구축하고 이를 바탕으로 감별진단용 probe를 제작하였다. HA 유전자의 혈청형 및 병원성 감별을 위하여 HA 유전자를 사용하였으며, NA유전자의 혈청형을 감별하기 위하여 NA유전자를 사용하였다. 또한, 조류인플루엔자의 양성여부를 판별하기 위하여 matrix 유전자를 사용하였다. RT-PCR을 이용한 유전자 증폭 시 Cy3 형광물질이 부착된 primer를 사용하였으며, 증폭산물을 유전자칩과 반응시킨 후 microarray scanner로 형광량을 확인하였다. 기타 혈청형과의 비특이 검정을 위해 H1-H15형 및 N1-N9형의 패널을 구축하여 유전자칩을 검정하였으며, 농장, 재래시장, 철새유래 조류인플루엔자 바이러스를 이용하여 검정한 결과 높은 민감도와 특이도를 나타내었다. 특히, 국내 4차례 발생한 고병원성 조류인플루엔자 바이러스의 혈청형 및 병원성을 모두 감별할 수 있었다. 본 유전자칩은 저가의 비용으로 5시간 이내에 고병원성 조류인플루엔자 바이러스의 혈청형 및 병원성 감별이 가능하였으므로, 저병원성 H9형 바이러스와의 감별과 더불어 경제적이며 빠른 진단으로 고병원성 조류인플루엔자에 대한 초동대처를 가능하게 할 것으로 사료된다.