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보고서 요약서
요약문
목차
1. 연구개발과제의 개요 5
2. 연구수행내용 및 성과 6
2-1. prognosis/predictive 마커 발굴을 위한 데이터 전처리 진행 6
(1) somatic mutation processing 6
(2) Transcriptome pre-processing 8
(3) Copy Number Variation pre-processing 9
(4) germline mutation pre-processing 11
(5) DNA methylation pre-processing 11
2-2. 딥러닝 기반 예후예측 모델 구축 12
2-3. 기존 모델과 성능비교 13
2-4. 중요한 feature selection 14
2-5. 조절체 데이터 생산 및 신규 암 특이적 유전자 발현 기전 규명 연구개요 15
1) 대장암 및 정상 조직 샘플 확보 15
2) ATAC-seq 실험 기법 확립 및 최적화 15
3) ChIP-seq 실험 기법 확립 및 최적화 18
4) ChIP-seq 결과 기반 조절체 데이터 분석 20
2-6. 대장암 염색질 3차구조 지도 작성 23
1) 최적화된 신규 Hi-C 프로토콜을 대장암 조직에 적용 23
2) 대장암 환자의 정상 및 암 조직 대상 Hi-C 실험 수행 23
3) 대장암 환자 특이적 염색질 3차구조 규명을 통한 대규모 유전체 구조 변화 연구 25
2-7. 조절체 및 유전체 데이터 통합 분석을 위한 파이프라인 구축 34
1) 대장암 환자 특이적 Indel identification 파이프라인 구축 34
2-8. 암 특이적 염색질 3차구조 분석을 위한 딥러닝 파이프라인 구축 37
1) 암조직 특이적 염색질 3차구조 분석을 위한 머신러닝 파이프라인 구축 37
2) 암조직 특이적 염색질 3차구조 분석을 위한 딥러닝 파이프라인 구축 38
3. 목표 달성도 및 관련 분야 39
3-1. 목표 39
3-2. 목표 달성여부 39
(1) 연구개발의 최종목표 39
(2) 연차별 연구개발 목표 및 내용 40
(3) 계획대비 달성도(선정 시 제시된 연구목표) 40
(4) 위 연구목표(총연구기간)에서 중요도 순으로 4~5개 목표 추출 및 가중치 부여 40
3-3. 목표 미달성 시 원인(사유) 및 차후대책(후속연구의 필요성 등) 41
4. 연구개발성과의 활용 계획 등 41
붙임 : 참고문헌 41
별첨 : 주관연구기관의 자체평가 의견서[내용없음] 5