[표지] 1
용역연구개발과제 최종보고서 제출문 2
제출문 3
목차 4
I. 총괄연구개발과제 요약문 7
1. 국문 요약문 7
2. Summary 9
II. 총괄연구개발과제 연구결과 11
제1장 총괄연구개발과제의 목적 및 필요성 11
1. 총괄연구개발과제의 목표 11
2. 총괄연구개발과제의 목표달성도 28
3. 총괄국내·외 기술개발 현황 29
4. 총괄연구개발과정에서 수집한 국외과학기술정보 36
제2장 총괄연구개발과제의 내용 및 방법 37
1. 식중독균 바이오마커에 대한 DB 구축 37
2. 종별 특이적 유전자 선정 알고리즘 개발 및 분석 파이프라인 구축 37
3. NGS 기반 식중독균 특이 유전자 확인을 위한 동시 검출법 개발 41
제3장 총괄연구개발과제의 최종결과 및 고찰 48
1. 식중독균 바이오마커에 대한 DB 구축 48
2. 종별 특이적 유전자 선정 알고리즘 개발 및 분석 파이프라인 구축 48
3. NGS 기반 식중독균 동시 검출법 개발 및 검증 53
4. 식중독균 동시검줄 NGS panel 시제품 제작 59
제4장 총괄연구개발과제의 연구성과 61
제1절 총괄활용성과 61
제2절 총괄활용계획 64
제5장 총괄주요연구 변경사항 65
제6장 총괄참고문헌 66
제7장 총괄첨부서류 67
III. 제 1세부 연구개발과제 연구결과 69
제1장 제 1세부 연구개발과제 요약문 69
제2장 1세부 연구개발과제의 목적 72
1. 1세부 연구개발과제의 목적 72
제3장 1세부 연구개발과제의 내용 및 방법 74
가. Ion AmpliSeq designer 및 Illumina platform 호환성 검토 74
나. 식중독균 17종 바이오마커 검증 82
다. 식중독균 17종 동시검출 NGS panel 검증 83
제4장 1세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 84
1. NGS 기반 식중독균 동시 검출법 가능성 확인 84
2. NGS 기반 식중독균 동시 검출법 개발 90
3. NGS 기반 식중독균 동시 검출법 검출한계 확인 126
4. NGS 기반 식중독균 동시 검출법 검증 131
5. 16종 식중독균 동시검출 NGS panel 개발 135
6. 식중독균 동시검출 NGS panel 시제품 제작 148
제5장 1세부 참고문헌 149
IV. 제 2세부 연구개발과제 연구결과 151
제1장 제 2세부 연구개발과제 요약문 151
제2장 2세부 연구개발과제의 목적 154
1. 2세부 연구개발과제의 목적 154
2. 2세부 연구개발과제의 목표달성도 156
제3장 2세부 연구개발과제의 내용 및 방법 157
1. 식중독균 바이오마커에 대한 DB 구축 157
2. 종별 특이적 유전자 선정 알고리즘 개발 및 분석 파이프라인 구축 157
제4장 2세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 164
1. 식중독균 바이오마커에 대한 DB 구축 164
2. 종별 특이적 유전자 선정 알고리즘 개발 및 분석 파이프라인 구축 164
제5장 2세부 참고문헌 179
V. 제 3세부 연구개발과제 연구결과 181
제1장 제 3세부 연구개발과제 요약문 181
제2장 3세부 연구개발과제의 목적 184
1. 3세부 연구개발과제의 목적 184
2. 3세부 연구개발과제의 목표달성도 185
제3장 3세부 연구개발과제의 내용 및 방법 186
가. 식중독균 동시 검출법 개발을 위한 검증용 균주 수집 186
나. 상용 DNA 추출키트의 식품 적용성 평가 186
다. DNA 추출키트의 민감도 검사 및 추출 키트 선정 188
라. DNA 추출키트의 민감도 검사 및 추출 키트 선정 190
제4장 3세부 연구개발과제의 결과 및 고찰 194
1. 상용 DNA 추출키트의 식품 적용성 평가 194
2. DNA 추출키트의 민감도 검사 및 키트 선정 198
3. 식중독균 동시검출용 NGS panel의 식품 내 유효성 평가 200
제5장 3세부 참고문헌 202
[뒷표지] 203