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표제지

요약

목차

Ⅰ. 서론 11

Ⅱ. 연구사 13

1. 국내 재래돼지의 역사 13

2. 재래유전자원 보존의 필요성 13

3. 분자유전학적 가축 개량방법 14

1) MS ; microsatellite 14

2) SNP ; single nucleotide polymorphism 15

3) CNV ; copy number variation 15

4) RFLP ; Restriction fragment length polymorphism 16

5) SSCP ; single strand conformation polymorphism 16

6) RAPD ; random amplified polymorphism DNA 17

7) AFLP ; amplified fragment length polymorphism 17

Ⅲ. 재료 및 방법 18

1. 공시재료 18

1) 시료채취 18

2) 경제형질(economic traits) 18

2. DNA의 추출 19

1) 모근시료에서의 genomic DNA 추출 19

2) genomic DNA의 확인 및 정량 19

3. 8가지 유전자의 PCR 및 유전자형 확인 20

1) Primer의 제작 20

2) PCR 실시 20

3) PCR-RFLP를 통한 각 개체별 유전자형 분석 21

4. 통계분석 22

Ⅳ. 결과 23

1. MC4R (c.1426A>G) 23

1) MC4R 유전자의 c.1426A>G SNP 유전자형 분석 23

2) MC4R 유전자의 c.1426A>G SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 24

2. PGK2 (g.122T>G) 26

1) PGK2 유전자의 g.122T>G SNP 유전자형 분석 26

2) PGK2 유전자의 g.122T>G SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 27

3. TNNI1 (g.5174T>C) 29

1) TNNI1 유전자의 g.5174T>C SNP 유전자형 분석 29

2) TNNI1 유전자의 g.5174T>C SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 30

4. TNNI2 (g.1167C>T) 32

1) TNNI2 유전자의 g.1167C>T SNP 유전자형 분석 32

2) TNNI2 유전자의 g.1167C>T SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 33

5. PIK3C3 (C2604T) 35

1) PIK3C3 유전자의 C2604T SNP 유전자형 분석 35

2) PIK3C3 유전자의 C2604T SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 36

6. CTSD (g.70G>A) 38

1) CTSD 유전자의 g.70G>A SNP 유전자형 분석 38

2) CTSD 유전자의 g.70G>A SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 39

7. CTSK (g.15G>A) 41

1) CTSK 유전자의 g.15G>A SNP 유전자형 분석 41

2) CTSK 유전자의 g.15G>A SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 42

8. CTSZ (g.37A>G) 43

1) CTSZ 유전자의 g.37A>G SNP 유전자형 분석 43

2) CTSZ 유전자의 g.37A>G SNP 유전자형과 경제형질의 상관관계 분석 43

Ⅴ. 적요 45

Ⅵ. 참고문헌 47

Abstract 51

표목차

Table 1. Primer sequence and PCR information for 8 SNPs analysis 21

Table 2. PCR-RFLP information for 8 SNPs analysis 22

Table 3. Allele and genotype frequencies for the c.1426A>G in Korean native pig x Duroc 24

Table 4. Associations between c.1426A>G SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 25

Table 5. Allele and genotype frequencies for the g.122T>G in Korean native pig x Duroc 27

Table 6. Associations between g.122T>G SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 28

Table 7. Allele and genotype frequencies for the g.5174T>C in Korean native pig x Duroc 30

Table 8. Associations between g.5147T>C SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 31

Table 9. Allele and genotype frequencies for the g.1167C>T in Korean native pig x Duroc 33

Table 10. Associations between g.1167C>T SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 34

Table 11. Allele and genotype frequencies for the C2604T in Korean native pig x Duroc 36

Table 12. Associations between C2604T SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 37

Table 13. Allele and genotype frequencies for the g.70G>A in Korean native pig x Duroc 39

Table 14. Associations between g.70G>A SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 40

Table 15. Allele and genotype frequencies for the g.15G>A in Korean native pig x Duroc 42

Table 16. Associations between g.15G>A SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 42

Table 17. Allele and genotype frequencies for the g.37A>G in Korean native pig x Duroc 43

Table 18. Associations between g.37A>G SNP and economic traits in F₁ of Korean native pig x Duroc 44

그림목차

Figure 1. Collected of the hair sample in F₁ crossbred of Duroc x Korean native pig 18

Figure 2. PCR condition 20

Figure 3. Agarose gel electrophores is of PCR-RFLP (Taq I). CT genotype showed three fragments (226, 156, 70bp), TT genotype showed two... 25

Figure 4. Agarose gel electrophores is of PCR-RFLP (Mbo II). TT genotype showed one fragments (542bp), GT genotype showed three fragments... 28

Figure 5. Agarose gel electrophoresis of PCR-RFLP (Xba I). CC genotype showed one fragments (190bp), CT genotype showed three fragments... 31

초록보기

 본 연구는 강원도 홍천의 재래돼지 사육농가에서 사육 중인 재래돼지와 Duroc의 F₁ 86두를 대상으로 기존 재래돼지 및 듀록에서 연구되어진 8가지의 Single nucleotide polymorphism(SNP)를 이용하여 경제형질(Economic traits)과의 연관성 분석을 실시하였다. 분석에 이용된 8가지 SNP은 MC4R(c.1426A>G), PGK2(g.122T>G), TNNI1(g.5174T>C), TNNI2(g.1167C>T), PIK3C3(c.2604C>T), CTSD(g.70G>A), CTSK(g.15G>A), CTSZ(g.37A>G)이며, 또한 조사된 경제형질은 생시체중(BW ; birth weight), 이유체중(WW ; weaning weight), 출하체중(MW ; market weight), 도체중(CW ; carcass weight), 등지방두께(BFT ; backfat thickness), 일당증체량(ADG ; average daily gain) 2주차, 4주차, 10주차, 18주차로 총 10가지 형질을 조사하였다. 실험에 사용된 프라이머는 NCBI Genebank에 등록된 Sus scropa의 Sequence 정보를 활용하여 8가지 SNP이 PCR을 이용해 증폭 할 수 있도록 각각 제작하였으며, PCR 수행 후 RFLP방법을 이용하여 각각의 SNP에서 유전자형(Genotype)을 판단하였다. 그 결과 유전자형 빈도는 MC4R에서 CC 0.45, CT 0.38, TT 0.16으로 PGK2에서 GG 0.06, GT 0.63, TT 0.31으로 각각 나타났으며, TNNI1에서 CC 0.70, CT 0.30으로 나타났지만 TT는 발견되지 않았다. TNNI2에서 CC 0.23, CT 0.68, TT 0.09로 PIK3C3에서 CC 0.04, CT 0.42, TT 0.54로 CTSD에서 GG 0.01, GA 0.34, AA 0.65로 각각 나타났으며, CTSK에서 GG 0.74, GA 0.24로 각각 나타났으나 AA는 발견되지 않았다. 마지막으로 CTSZ에서 AA 0.01, AG 0.05, GG 0.94로 각각 나타났다. 경제형질과의 연관성분석 중 생시체중에서는 MC4R(P<0.05), PGK2(P<0.001), PIK3C3(P<0.01), CTSD(P<0.01)에서 유의적인 차이를 발견 할 수 있었으며, 등지방두께에서는 MC4R(P<0.05), PIK3C3(P<0.05)가, 2주차 일당증체량에서는 MC4R(P<0.001), PGK2(P<0.05), 10주차 일당증체량에서는 MC4R(P<0.05), PGK2(P<0.05)가 각각 유의적인 차이를 발견할 수 있었으나, TNNI1, TNNI2, CTSK, CTSZ에서는 유의적인 차이를 발견할 수 없었다. 본 연구결과 좀 더 추가적인 두 수의 실험이 필요하겠지만 재래돼지와 Duroc의 F₁집단에서 8가지의 SNP이 경제형질을 판단할 DNA marker로서 이용될 수 있을 것이라 사료되어지며, 추가적으로 재래돼지 유전자원 보존에 있어 중요한 자료로서 활용될 수 있을 것이라 사료된다.