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Title Page

ABSTRACT

Contents

Ⅰ. Introduction 9

Ⅱ. Materials and Methods 17

2.1. Wild-type Ssp4 expression plasmids 17

2.2. Purification of Ssp4 17

2.3. Preparation of DNA 18

2.4. Electrophoretic mobility shift assay (EMSA) 19

2.5. DNA protection assay against UV irradiation 20

2.6. DNA protection assay against DNase I degradation 21

2.7. Site-directed mutagenesis for N-terminal GGG-Ssp4 22

2.8. Purification of sortase A 23

Ⅲ. Results 25

3.1. Purification of Ssp4:D36 and Ssp4:G36 proteins 25

3.2. DNA binding affinity for Ssp4 variants for random-sequence DNA 28

3.3. DNA binding affinity for Ssp4 variants for AT-rich DNA 32

3.4. DNA protection activity of Ssp4 variants 35

3.5. Sortase-mediated fluorescent labeling 39

3.5.1. Construction of N-terminal GGG-Ssp4 vector 39

3.5.2. Purification of sortase A 42

3.5.3. Establishment of sortase-mediated fluorescent labeling strategy for Ssp4 44

Ⅳ. Discussion 48

References 52

요약문 64

List of Figures

Figure 1. Characteristics of C. perfringens endospore. 14

Figure 2. SASP homology and Ssp4 variants. 16

Figure 3. Expression and purification of Ssp4:D36. 27

Figure 4. Electrophoretic mobility shift assay for Ssp4 variants. 31

Figure 5. Electrophoretic mobility shift assay for Ssp4 variants using AT-rich DNA. 34

Figure 6. DNA protection against UV by Ssp4 interaction. 37

Figure 7. DNA protection against DNase I by Ssp4 interaction. 38

Figure 8. Schematics of Sortase-mediated fluorescent labeling. 41

Figure 9. Sortase purification. 43

Figure 10. Strategy for fluorescent labeling of Ssp4. 47

Figure 11. Structure prediction of Ssp4-DNA complex. 51

초록보기

 단백질과 디옥시리보핵산 간의 결합은 디옥시리보핵산의 복제, 전사, 복구 및 유전체 안정성에 중요한 역할을 한다. 또한, 디옥시리보핵산 결합 단백질은 유전체의 구조 조절에도 관여한다. 따라서 단백질과 디옥시리보핵산 간의 상호작용을 이해하는 것은 근본적인 생물학적 기작을 밝히는 데 중요하다. 가스괴저균과 같은 특정 박테리아는 가혹한 조건에 반응하여 내생포자를 형성한다. 휴면 상태인 내생포자는 환경적 스트레스로부터 생존할 수 있다. 포자 저항성에 기여하는 주요 요인 중 하나는 고도로 보존된 알파/베타형 작은 산용해성 단백질이다. 그러나 작은 산용해성 단백질의 디옥시리보핵산 결합 특성과 기작은 여전히 명확히 알려지지 않았다. 본 연구에서는 전기영동 기반의 분석법을 활용하여 작은 산용해성 단백질과 디옥시리보핵산 간의 상호작용을 정량적으로 특성화하고, 디옥시리보핵산에 대한 보호 능력을 확인한다. 또한, 단분자 영상을 사용하여 디옥시리보핵산과 단백질 간의 상호작용을 연구하기 위해 세포벽 단백질 부착 전이효소를 활용한 형광 표지 전략을 수립한다. 나아가 이러한 연구 결과는 박테리아 내생포자 단백질과 디옥시리보핵산간의 상호작용에 대한 더 나은 통찰력을 제공할 것이다. 확립된 형광 표지 체계는 작은 크기의 단백질에 광범위하게 적용하는 데 기여하며, 단일 분자 연구의 토대를 마련할 것으로 기대한다.