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BLAST는 생명정보학 분야에서 가장 많이 사용하는 도구이다. 이 도구는 입력서열을 기존 서열 데이터베이스와 신속히 비교하고 그 기능을 예측한다. 생물학자는 BLAST를 이용하여 실험의 범위, 시간과 비용을 줄일 수 있다. 하지만, 서열 데이터양이 급격히 증가함에 따라 그 처리 시간도 같이 증가하여 성능개선 방안이 필요하다. 본 논문에서는 대용량 BLAST처리 성능 향상을 위한 PC 기반의 클러스터 인프라 (E-Cluster)를 제시하고 이 기반에서 데이터베이스 분할기법 (Logical Partitioning)과 질의 라우팅 기법 (Intra-Query)을 제안한다. 제안된 시스템을 평가하기 위해 다양한 길이의 서열들과 NR 데이터베이스와 비교하여 응답시간(Response Time), 성능 향상(Speedup), 효율(Efficiency) 관점에서 평가한다. 본 실험을 통해 기존 SMP, Cluster, 그리드 기반의 BLAST 시스템보다 성능, 효율이 뛰어남을 확인하였고, 특히 제안한 시스템의 최대 효율은 600%로 매우 높았다.
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참고문헌 (18건) : 자료제공( 네이버학술정보 )
| 번호 | 참고문헌 | 국회도서관 소장유무 |
|---|---|---|
| 1 | GenBank.  |
미소장 |
| 2 | GOLD database, http://www.genomesonline.org/ | 미소장 |
| 3 | An EST Sequence Annotation System Based On Service Oriented Architecture | 소장 |
| 4 | BLAST: improvements for better sequence analysis |
미소장 |
| 5 | Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. |
미소장 |
| 6 | A general method applicable to the search for similarities in the amino acid sequence of two proteins |
미소장 |
| 7 | Identification of common molecular subsequences |
미소장 |
| 8 | M. K. Gardner; Wu-chun Feng, H.J. Archuleta, “Parallel Genomic Sequence-Searching on an Ad-Hoc Grid: Experiences, Lessons Learned, and Implications,” The International Conference on High-Performance Computing, Networking, and Storage, 2006 | 미소장 |
| 9 | G. Amdahl, "Validity of the Single Processor Approach to Achieving Large-Scale Computing Capabilities," AFIPS Conference Proceedings, (30), pp. 483-485, 1967. | 미소장 |
| 10 | Etherboot Project, http://www.etherboot.org | 미소장 |
| 11 | The Grid: A New Infrastructure for 21st Century Science |
미소장 |
| 12 | GridBLAST: a Globus‐based high‐throughput implementation of BLAST in a Grid computing framework |
미소장 |
| 13 | SETI@HOME Project, http://setiathome.berkeley.edu/ | 미소장 |
| 14 | Hyper-BLAST: A Parallelized BLAST on Cluster System |
미소장 |
| 15 | A. Darling, L. Carey, and W. Feng, “The Design, Implementation, and Evaluation of mpiBLAST,” International Conference on Linux Clusters, 2003. | 미소장 |
| 16 | Study on MPI-based parallel sequence similarity search in the LINUX cluster | 소장 |
| 17 | R. Bjornson, A. Sherman, S. Weston, N. Willard, and J. Wing. “TurboBLAST(r): A parallel implementation of BLAST built on the TurboHub,” International Parallel and Distributed Processing Symposium, 2002. | 미소장 |
| 18 | Database Allocation Strategies for Parallel BLAST Evaluation on Clusters |
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