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DNA sequencer는 template로 이용하는 DNA의 quality와 sequencing 반응 산물의 정제 방법, 그리고 gel 농도에 민감하다고 알려져 있다. 이에 우리는 plasmid DNA의 준비, 정제, sequencing 반응, gel 농도와 injection medium 등에 대한 최적 조건을 구축하기 위한 연구를 수행하였다. Plasmid DNA 준비과정에서 phenol을 사용한 것 보다 chloroform을 사용한 것이 평균 reading length가 532 bp에서 684 bp로 향상 되었으며, 2.5% DMSO를 첨가한 것이 첨가하지 않은 것에 비해 200 bp 더 길게 염기서열 분석이 되었다. 또한, sequencing 반응산물 정제 시 50 mM EDTA와 0.6 M sodium acetate를 미리 섞어서 pH 8.0으로 맞춘 것을 사용한 것이 50 mM EDTA(pH 8.0)와 0.6 M sodium acetate(pH 5.2)를 각각 사용한 것 보다 20 bp 길게 염기서열 분석이 되었다. Injection medium으로는 실험실에서 resin으로 탈 이온화 시킨 formamide보다 정제된 ABI formamide를 사용한 것이 보다 재현성 있게 reading length가 90 bp 더 길게 분석 되었으며, 4% PAGE gel 보다 3.6% PAGE gel을 사용한 것이 150 bp 더 길게 분석 되었다. Template 준비 시 chloroform으로 정제하고 2.5% DMSO를 첨가, sequencing 반응산물 정제 시 carrier의 pH를 8.0으로 맞춘 것을 이용, 그리고 ABI formamide와 3.6% gel 농도를 사용하는 최적의 조건으로 평균 700 bp, 85% score를 얻을 수 있었다.

The DNA sequencer is known to be more sensitive for the quality of template DNA, method of purification followed by sequencing reaction, and gel concentration. Therefore, we investigated optimal conditions for template preparation, purification, sequencing reaction, gel concentration, and injection medium. For plasmid prepara- tion, using chloroform instead of phenol improved the average read length from 532 bp to 684 bp. The addition of 2.5% DMSO sequencing PCR reaction resulted in 200 bp longer sequences. Purification using 50 mM EDTA and 0.6 M Sodium acetate(pH 8.0) presented 20 bp longer sequences than that using 50 mM EDTA(pH 8.0) and 0.6 M sodium acetate(pH 5.2). The injection for sequencing analysis using ABI formamide presented 90 bp longer sequences than that of using formamide deionized by resin. Moreover, there were 150 bp more readable sequences in 3.6% PAGE gel than in 4%. Consequently, it was concluded that an average of 700 bp per reaction with 85% accuracy can be obtained by the following optimal conditions: template preparation using chloroform, 2.5% DMSO, 50 mM EDTA and 0.6 M sodium acetate(pH 8.0), ABI formamide and 3.6% gel concentration.

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기사명 저자명 페이지 원문 목차
석회암지대 산림식생의 유형과 환경특성 윤충원 ;문현식 pp.1-8

소나무재선충병 피해목 벌채가 토양호흡에 미치는 영향 조민기 ;전권석 ;박준호 ;김종갑 ;문현식 pp.9-15

심비디움 Pine Clash 'Moon Venus'의 생장 및 양분함량에 미치는 폐타이어칩의 영향 김홍열 pp.17-21

지베렐린이 '신고'배의 비대와 성숙촉진에 미치는 영향 김종국 ;이창후 pp.23-30

Plasmid DAN template를 이용한 DAN 염기서열 분석기기의 최적 조건 확립 이재봉 ;김재환 ;서보영 ;이경태 ;박응우 ;유채경 ;임현태 ;전진태 pp.31-38

서울시내 동물병원의 애완견 진료와 관리시스템에 관한 연구 강동준 ;정병현 ;허 정 ;강정부 pp.39-46

국화재배용 유인네트의 베드 설계 서원명 ;김영주 ;배용한 ;민영봉 ;박중춘 ;허무룡 ;윤용철 pp.47-53

한·미 FTA가 국내산 돼지고기 시장에 미치는 영향 분석 안병일 ;조영득 pp.55-63

농산물 인터넷 쇼핑의 소비자 만족요인에 관한 조사연구 서영옥 ;김진석 pp.65-78

참고문헌 (12건) : 자료제공( 네이버학술정보 )

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번호 참고문헌 국회도서관 소장유무
1 International Chicken Genome Sequencing Consortium 2004 Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution. Nature 432:695-716. 미소장
2 Gibbs R. A.，G. M. Weinstock，M. L. Metzker，D.M. Muzny，E. J. Sodergren，S. Scherer，G. Scott, D. Steffen, K. C. Worley, P. E. Burch, G. kwuonu，S. Hines, L. Lewis，C. DeRamo，O.Delgado, S. Dugan-Rocha， G. Miner, M.Morgan，A. Hawes, R. G il, Celera，R. A. Holt,M. D. Adams, P. G. Amanatides， H.Baden-Tillson，M. Barnstead，S. Chin，C. A.Evans, S. Ferriera，C. Fosler，A. Glodek，Z. Gu，D. Jennings, C. L. Kraft, T. Nguyen, C. M.Pfannkoch, C. S itter，G. G. Sutton, J. C.Venter, T. Woodage, D. Smith，H. M. Lee，E.Gustafson, P. Cahill, A. Kana, L.Doucette-Stamm，K. Weinstock，K. Fechtel，R.B. Weiss, D. M. Dunn, E. D. Green, R. W,Blakesley, G.... 미소장
3 2003a. RIKEN mouse genome encyclopedia. Mech. Ageing Devi 24： 93-102. 미소장
4 The Riken mouse genome encyclopedia project 네이버 미소장
5 Separation of DNA sequencing fragments using an automated capillary electrophoresis instrument. 네이버 미소장
6 The use of elevated column temperature to extend DNA sequencing read lengths in capillary electrophoresis with replaceable polymer matrices. 네이버 미소장
7 A New Method for Sequencing DNA 네이버 미소장
8 1994. The pig as a potential xenograft donor, pathol. Biol. 42:185-191. 미소장
9 Nucleotide sequence of bacteriophage φX174 DNA 네이버 미소장
10 RIKEN Integrated Sequence Analysis (RISA) System-384-Format Sequencing Pipeline with 384 Multicapillary Sequencer 네이버 미소장
11 DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22. 네이버 미소장
12 Waterston R. H.， K. Lindblad-Toh， E. Birney, J. Rogers, J. F. Abril, P. Agarwal，R. Agarwala, R. Ainscough， M. Alexandersson, P. An， S. E. Antonarakis，J. Attwood，R. Baertsch, J. Bailey, K. Barlow, S. Beck， E. Berry， B. Birren, T. Bloom, P. Bork, M. Botcherby，N. Bray, M. R. Brent, D. G. Brown, S. D. Brown, C. B u lt，J. Burton，J. Butler, R. D. Campbell, P. Carninci, S. Cawley, F. Chiaromonte, A. T. Chinwalla，D. M. Church, M. Clamp, C. Clee，F. S. Collins, L. L. Cook， R. R. Copley, A. Coulson, O. Couronne, J. C uff， V. Curwen, T. Cutts, M. Daly, R. David, J. Davies，K. D. Delehaunty, J. Deri, E. T. Dermitzakis, C. Dewey, N. J.... 미소장

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