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본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로 한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

In this study, we report the generation and analysis of 1,392 expressed sequence tags (ESTs) from Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai). A cDNA library was generated from the young leaf tissue and a total of 1,392 cDNA were partially sequenced. EST and unigene sequence quality were determined by computational filtering, manual review, and BLAST analyses. Finally, 1,301 ESTs were acquired after the removal of the vector sequence and filtering over a minimum length 100 nucleotides. A total of 893 unigene, consisting of 150 contigs and 743 singletons, was identified after assembling. Also, we identified 95 new microsatellite-containing sequences from the unigenes and classified the structure according to their repeat unit. According to homology search with BLASTX against the NCBI database, 65% of ESTs were homologous with known function and 11.6% of ESTs were matched with putative or unknown function. The remaining 23.2% of ESTs showed no significant similarity to any protein sequences found in the public database. Annotation based searches against multiple databases including wine grape and populus sequences helped to identify putative functions of ESTs and unigenes. Gene ontology (GO) classification showed that the most abundant GO terms were transport, nucleotide binding, plastid, in terms biological process, molecular function and cellular component, respectively. The sequence data will be used to characterize potential roles of new genes in Stewartia and provided for the useful tools as a genetic resource.

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기사명 저자명 페이지 원문 목차
환상박피처리에 의한 '거봉' 포도의 과실 품질 및 동해 피해 권용희 ,이별하나 ,심성보 ,신경희 ,정규환 ,최인명 ,박희승 pp.81-86

조직배양 유래 자생나리 소인경의 온탕 및 저온처리가 맹아 및 비대에 미치는 영향 김민희 ,임영희 ,오욱 ,윤해근 ,김규원 pp.87-94

'설향' 딸기 번식을 위한 자루재배시 상토의 물리·화학성이 모주 생육과 자묘 발생에 미치는 영향 최종명, 박지영, 라티기 pp.95-101

고온기 펄라이트 자루재배시 최적 근권온도 조절방법 김성은 ,김영식 ,심상연 pp.102-109

옹기 화병이 절화 거베라의 수명 및 미생물 증식에 미치는 영향 임영희, 오욱 pp.110-115

노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 cDNA library 제작 및 EST 분석 임수빈 ,김준기 ,최영인 ,최선희 ,권혜진 ,송호경 ,임용표 pp.116-122

Rapid and unequivocal identification method for event-specific detection of transgene zygosity in genetically modified chili pepper Seung Won Kang ,Chul-Hee Lee ,Sang-Gyu Seo ,Bal-Kum Han ,Hyung-Seok Choi ,Sun Hyung Kim ,Chee Hark Harn ,Gung Pyo Lee pp.123-129

파프리카 시판 품종에 대한 유전자적 웅성불임성의 대립성 및 분자표지의 유용성 검정 이준대 ,도재왕 ,한정헌 ,안철근 ,권오열 ,김용권 ,윤재복 pp.130-134

Isolation and characterization of a doritaenopsis hybrid GIGANTEA gene, which possibly involved in inflorescence initiation at low temperatures Xiaoyan Luo, Chi Zhang, Xiaoming Sun, Qiaoping Qin, Mingbin Zhou, Kee Yoeup Paek, Yongyi Cui pp.135-143

일반감자와 유색감자의 영양성분 및 이화학적 특성 비교 장혜림 ,홍주연 ,김남조 ,김민하 ,신승렬 ,윤경영 pp.144-150

살균제와 미생물제 처리시기에 따른 딸기 잿빛곰팡이병 방제효과 남명현 ,김현숙 ,이원근 ,M.L. Gleason ,김홍기 pp.151-155

황색 절화용 다수성 거베라 신품종 '선묘' 육성 박재석 ,정미영 ,김창길 pp.156-159

백·분홍색 절화장미 '수려' 육성 김주형, 김시동, 김승덕, 김태중, 노창우, 민경범, 백기엽 pp.160-163

참고문헌 (28건) : 자료제공( 네이버학술정보 )

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번호 참고문헌 국회도서관 소장유무
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19 Generation of ESTs in Vitis vinifera wine grape (Cabernet Sauvignon) and table grape (Muscat Hamburg) and discovery of new candidate genes with potential roles in berry development 네이버 미소장
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28 Yang, B.H., S.D. Han, Y.B. Koo, and Y.G. Park. 2006. Genetic variation in the natural populations of Korean Stewartia (Stewartia koreana Nakai) based on I-SSR analysis. Korean J. Plant Res. 19:189-195. 미소장

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