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위암환자의 유전체 및 단백체 데이터를 확보하고, 유전체-to-단백체 타겟팅을 통한 생분자 시그니처를 발굴 할 수 있는 분석 기술 및 알고리즘을 개발. 위암 조직 NGS data에서 차등 발현된 87개의 펩타이드를 선정하고 MRM을 이용하여 동일 위암조직에서 정량분석을 수행. 질량분석기반의 타겟지향적 검증기술을 개발하기 위하여 가설 기반 MRM 분석기술을 통하여 scheduled MRM 재현성을 확보하였고 미량의 질병관련 시그니처를 발굴하기 위하여 고성능 질량분석 시스템을 도입, targeted profiling 기술을 통하여 기존 방법 대비 2배이상의 펩타이드 발굴. 인포매틱스 기술을 통하여 선별된 생분자 시그니처를 MRM 분석 방법을 통하여 선별. 57개의 SIS peptide를 제작하고 49쌍의 위암조직에서 정량. 대표적인 위암세포주의 NGS data에서 총 407개의 SNV를 추출하였고, 그 중 120개의 SNV를 본 연구에서 개발된 targeted profiling 방법을 이용하여 단백질 레벨에서의 발현 및 MRM 분석을 통하여 검증. 프로테오지노믹스 선도기술로써 N-terminome 발굴 기술 개발, 세포내 발현되는 2437개의 유전자 TIS 및 novel n-terminome을 발굴. 전체단백질 분리기술인 톱-다운 질량분석법 플랫폼을 구축하고 모델 위암세포주 (SNU 620, 484)에서 1078개의 단백질 isoform을 동정. 이와 더불어 Cys-SH 특이적 probe를 이용하여 세포에서 220개, 위암조직에서 712개의 민감단백질을 동정하고, HDX-MS를 이용하여 위암조직에서 차등 발현된 단백질, 산화를 포함한 PTM, 산화에 민감한 단백질의 구조적 변화를 검증.

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