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Abstract

목차

Contents 20

I. 서론 24

II. 한반도 자생종 유전정보 구축 26

1. 실타래갯지렁이과 다모류 Timarete posteria 26

가. 연구배경 26

나. 연구시료 27

다. 연구방법 27

라. 연구결과 29

마. 고찰 32

2. 까치살모사 34

가. 연구배경 34

나. 연구시료 35

다. 연구방법 36

라. 연구결과 41

마. 고찰 59

3. 살모사 60

가. 연구배경 60

나. 연구시료 61

다. 연구방법 62

라. 연구결과 65

마. 고찰 69

4. 쇠살모사 70

가. 연구배경 70

나. 연구시료 72

다. 연구방법 78

라. 연구결과 83

마. 고찰 94

III. 법적 관리종 보전관리 기반 근거자료 구축 96

1. 가시고기, 잔가시고기 96

가. 연구배경 96

나. 연구시료 97

다. 연구방법 98

라. 연구결과 103

마. 고찰 149

2. 쉬리 153

가. 연구배경 153

나. 연구시료 154

다. 연구방법 155

라. 연구결과 157

마. 고찰 168

3. 각시붕어 170

가. 연구배경 170

나. 연구시료 171

다. 연구방법 172

라. 연구결과 174

마. 고찰 179

4. 가시납지리, 납지리, 큰납지리 181

가. 연구배경 181

나. 연구시료 184

다. 연구방법 184

라. 연구결과 188

마. 고찰 196

5. 수원청개구리 198

가. 연구 배경 198

나. 연구 시료 200

다. 연구 방법 200

라. 연구 결과 205

마. 고찰 207

6. 옴개구리 208

가. 연구 배경 208

나. 연구 시료 209

다. 연구 방법 210

라. 연구 결과 210

마. 고찰 215

7. 이끼도롱뇽 217

가. 연구 배경 217

나. 연구 시료 218

다. 연구 방법 218

라. 연구 결과 221

마. 고찰 224

IV. 환경현안종 연구자료 확보 226

1. 홍딱지바수염반날개 226

가. 연구배경 226

나. 연구시료 227

다. 연구방법 230

라. 연구결과 232

2. 청딱지개미반날개 240

가. 연구배경 240

나. 연구시료 241

다. 연구방법 244

라. 연구결과 246

3. 고찰 253

V. 경제적 가치종 산업화 대응 연구 254

1. 별 늑대거미 254

가. 연구배경 254

나. 연구시료 255

다. 연구방법 255

라. 연구결과 258

마. 고찰 261

2. 긴호랑거미 262

가. 연구배경 262

나. 연구시료 263

다. 연구방법 263

라. 연구결과 266

마. 고찰 272

3. 무당거미 274

가. 연구배경 274

나. 연구시료 275

다. 연구방법 275

라. 연구결과 278

마. 고찰 286

VI. 종합 고찰 288

VII. 참고문헌 290

표목차

표 II-1-1. Timarete posteria 연구시료 목록 27

표 II-1-2. Timarete posteria COI 유전자 증폭을 위해 사용한 프라이머 29

표 II-1-3. Timarete posteria Illumina 시퀀싱 데이터 QC 결과 30

표 II-1-4. Timarete posteria K-mer 분석으로 유전체 크기 예측결과 31

표 II-2-1. 까치살모사 연구시료 목록 35

표 II-2-2. 까치살모사 선행연구 시료 정보와 등록번호 36

표 II-2-3. 까치살모사 유전자 증폭을 위해 사용한 프라이머 40

표 II-2-4. 까치살모사 Illumina 시퀀싱 데이터 QC 결과 42

표 II-2-5. 까치살모사 K-mer 분석으로 유전체 크기 예측 결과 43

표 II-2-6. 까치살모사 Illumina assembly 결과 43

표 II-2-7. 까치살모사의 di-motif 4종류 SSR 후보 영역 44

표 II-2-8. 까치살모사의 tri-motif 10종류 SSR 후보 영역 44

표 II-2-9. 까치살모사의 tetra-motif 33종류 SSR 후보 영역 44

표 II-2-10. 까치살모사의 penta-motif 84종류 SSR 후보 영역 45

표 II-2-11. 까치살모사의 hexa-motif 93종류 SSR 후보 영역 46

표 II-2-12. 까치살모사 46개 SSR 마커 정보 47

표 II-2-13. 까치살모사 미토콘드리아 유전체 분석 요약 51

표 II-2-14. 까치살모사 미토콘드리아 유전자별 위치정보 52

표 II-2-15. 까치살모사 지역 별 유전자 다양성 54

표 II-2-16. 까치살모사 지역 간 유전적 거리와 분화도 55

표 II-2-17. 까치살모사와 근연종과 유전적 거리 55

표 II-3-1. 살모사 연구시료 목록 61

표 II-3-2. 기 개발된 살모사속(Gloydius) 18개 SSR 마커 정보 62

표 II-3-3. 살모사 SSR 마커 기본 정보와 다양성 분석 결과 66

표 II-3-4. 살모사 집단 별 정보와 유전적 다양성 분석 결과 67

표 II-3-5. 살모사 집단 간 유전적 분화도 67

표 II-4-1. 쇠살모사의 형태적 특정 예비 조사결과 72

표 II-4-2. 쇠살모사 연구시료 목록 73

표 II-4-3. 쇠살모사 MtDNA 유전자 증폭을 위해 사용한 프라이머 79

표 II-4-4. 기 개발된 살모사속(Gloydius) 18개 SSR 마커 정보 80

표 II-4-5. 쇠살모사 지역 별 유전자 다양성과 집단팽창 분석 결과 84

표 II-4-6. 쇠살모사 지역 간 유전적 거리와 분화도 85

표 II-4-7. 쇠살모사 계통분석을 위한 GenBank 서열정보 87

표 II-4-8. 쇠살모사 SSR 마커 별 기본 정보와 다양성 분석 결과 89

표 II-4-9. 쇠살모사 집단 별 정보와 유전적 다양성 분석 결과 90

표 II-4-10. 쇠살모사 집단 간 유전적 분화도와 유전자 흐름 91

표 II-4-11. 쇠살모사 형태 측정 결과 93

표 III-1-1. 가시고기 유전자 다양성 연구시료 목록 98

표 III-1-2. Pungitius 속 MHC 유전자 증폭 Primer 목록 99

표 III-1-3. Barcode + MHC primer의 forward primer 목록 99

표 III-1-4. Barcode + MHC primer의 reverse primer 목록 100

표 III-1-5. ML tree에서 outgroup으로 쓰인 종 목록 102

표 III-1-6. NGS library에 대한 QC 결과 104

표 III-1-7. Illumina sequencing 결과 통계 104

표 III-1-8. 각 개체별 생산된 raw read 수 105

표 III-1-9. 가시고기 amplicon sequencing read filtering 결과 108

표 III-1-10. 가시고기 MHC 대립인자 별 통계치 115

표 III-1-11. 분석에 쓰인 개체 별 read 수 와 MHC 대립인자 수 119

표 III-1-12. 집단 별 MHC 대립인자 통계 123

표 III-1-13. 강릉 연곡천 이북과 강릉 주수천 이남에 모두 존재하는 대립인자 125

표 III-1-14. 강릉 연곡천 이북에만 존재하는 대립인자 127

표 III-1-15. 강릉 주수천 이남에만 존재하는 대립인자 129

표 III-1-16. 이입 집단인 소양강 집단의 대립인자 분포 양상 131

표 III-1-17. 대립인자 별 read 수 matrix 예시 133

표 III-1-18. 대립인자 별 read 수 matnx 예시 135

표 III-1-19. 대립인자 별 read 수 matrix 예시 137

표 III-1-20. PBR 추정 부위 정보 141

표 III-1-21. Supertype에 속하는 대립인자 정보 143

표 III-1-22. 집단 내 대립인자 수에 대한 supertype의 구성 비율 148

표 III-2-1. 쉬리, 참쉬리 유전자 다양성 연구시료 목록 154

표 III-2-2. 쉬리와 참쉬리 집단별 유전적 다양성 분석 결과 160

표 III-2-3. 쉬리와 참쉬리의 pairwise FST 161

표 III-2-4. 쉬리와 참쉬리의 assignment test 결과 162

표 III-2-5.쉬리와 참쉬리의 hybrid-index 결과 164

표 III-3-1. 각시붕어 유전자 다양성 연구시료 목록 171

표 III-3-2. Stacks2를 사용하여 산출한 11 개체군의 유전자 다양성 수치 175

표 III-3-3. 각시붕어 개체군들 간 pairwise-FST값 비교 175

표 III-4-1. 납지리 속 발현 유전체 분석 연구시료 목록 184

표 III-4-2. DEG analysis 분석 조합 186

표 III-4-3. Group 1(수컷-생식소)의 Expression Profiling 결과 summary 188

표 III-4-4. Group 2(암컷-생식소)의 Expression Profiling 결과 summary 188

표 III-4-5. Group 3(수컷-뇌)의 Expression Profiling 결과 summary 188

표 III-4-4. Group 4(암컷-뇌)의 Expression Profiling 결과 summary 189

표 III-4-7. Group 1(수컷-생식소)의 DEG analysis 결과 summary 189

표 III-4-8. Group 2(암컷-생식소)의 DEG analysis 결과 summary 189

표 III-4-9. Group 3(수컷-뇌)의 DEG analysis 결과 summary 190

표 III-4-10. Group 4(암컷-뇌)의 DEG analysis 결과 summary 190

표 III-4-11. Candidate gene list 190

표 III-5-1. 분석에 사용한 수원청개구리 시료 정보 200

표 III-5-2. 전사체 기반 새롭게 확보한 수원청개구리 표준 유전자 정보 206

표 III-5-3. 수원청개구리 long read 시퀀싱 결과 207

표 III-6-1. 분석에 사용한 옴개구리 시료 정보 209

표 III-6-2. STACKS 분석을 위한 parameter 최적화를 위한 분석 내용 211

표 III-6-3. 옴개구리 전사체 기반표준유전자정보구축결과 214

표 III-7-1. 헝아리곰팡이 감염 실험에 사용한 이끼도롱농 시료 정보 218

표 III-7-2. 기존에 확보하고 있던 전사체 기반 이끼도롱농 표준 유전정보 221

표 III-7-3. 새롭게 확보한 전사체 기반 이끼도롱농 표준 유전정보 221

표 III-7-4. Bd 감염 이끼도롱농 전사체 분석 시료 222

표 IV-1-1. 홍딱지바수염반날개 연구시료 목록 227

표 IV-1-2. 홍딱지바수염반날개 11개 microsatellite 유전자 다양성 233

표 IV-1-3. 홍딱지바수염반날개 지역별 집단간유전자다양성 238

표 IV-2-1. 청딱지개미반날개 연구시료 목록 241

표 IV-2-2. 청딱지개미반날개 11개 microsatellite 유전자 다양성 246

표 IV-2-3. 청딱지개미반날개 지역별 집단간 유전자 다양성 251

표 V-1-1. 별늑대거미 유전자 다양성 연구시료 목록 255

표 V-1-2. 별늑대거미 12개 SSR 마커 정보 256

표 V-1-3. 별늑대거미 집단 별 유전적 다양성 분석 결과 258

표 V-1-4. 별늑대거미 6 집단의 pairwise FST 결과 259

표 V-1-5. 별늑대거미 마커별 유전적 다양성 분석 결과 260

표 V-2-1. 긴호랑거미 유전자다양성 연구시료 목록 263

표 V-2-2. 긴호랑거미 10개 SSR 마커 정보 264

표 V-2-3. 긴호랑거미 집단 별 유전적 다양성 분석 결과 266

표 V-2-4. 긴호랑거미 5 집단의 pairwise FST 결과 266

표 V-2-5. 긴호랑거미 마커별 유전적 다양성 분석 결과 268

표 V-3-1. 무당거미 연구시료 목록 275

표 V-3-2. 무당거미 Illumina 시퀀싱 데이터 QC 결과 278

표 V-3-3. 무당거미 K-mer 분석으로 유전체 크기 예측 결과 279

표 V-3-4. 무당거미 미토콘드리아 유전자별 위치정보 280

표 V-3-5. 무당거미의 di-motif 4종류 SSR 후보 영역 283

표 V-3-6. 무당거미의 tri-motif 10종류 SSR 후보 영역 283

표 V-3-7. 무당거미의 tetra-motif 24종류 SSR 후보 영역 283

표 V-3-8. 무당거미의 penta-motif 27종류 SSR 후보 영역 284

표 V-3-9. 무당거미의 hexa-motif 13종류 SSR 후보 영역 284

표 V-3-10. 무당거미 23개 SSR 마커 정보 285

그림목차

그림 II-1-1. 실타래갯지렁이류 Timarete posteria 27

그림 II-1-2. NGS 분석을 위한 Timarete posteria DNA의 전기영동 결과 28

그림 II-1-3. Jellyfish를 통한 K-mer 분석으로 Timarete posteria 유전체 크기 예측 30

그림 II-1-4. Timarete posteria와 그 근연종의 NJ-Tree(mtDNA COI) 31

그림 II-1-5. 새우말군락(NIBR) 32

그림 II-2-1. 까치살모사 34

그림 II-2-2. DNA 라이브러리 제작 방법 37

그림 II-2-3. Jellyfish를 통한 K-mer 분석으로 까치살모사 유전체 크기 예측 42

그림 II-2-4. 까치살모사 미토콘드리아 유전자 지도 51

그림 II-2-5. 까치살모사와 Crotalinae 27종의 미토콘드리아 유전체 계통수 53

그림 II-2-6. 까치살모사 haplotype network 56

그림 II-2-7. 까치살모사 ML tree 57

그림 II-2-8. 까치살모사 ML tree 58

그림 II-3-1. 살모사 60

그림 II-3-2. 살모사 집단의 PCA 분석 결과 68

그림 II-3-3. 살모사 집단구조 분석 결과 68

그림 II-4-1. 쇠살모사 70

그림 II-4-2. 국내 쇠살모사의 계통수 예비 분석결과 71

그림 II-4-3. 쇠살모사 haplotype network 86

그림 II-4-4. 쇠살모사 haplotype ML tree 88

그림 II-4-5. 쇠살모사 집단의 주성분 분석(PCA)결과 91

그림 II-4-4. 쇠살모사 유전적 집단구조 분석 결과 92

그림 II-4-7. Delta K 수치와 개체군 수 92

그림 III-1-1. Barcode + MHC primer의 PCR plate 내 배정 예시 100

그림 III-1-2. NGS library 6개에 대한 TapeStation HSD5000 결과 104

그림 III-1-3. MHC 대립인자 ML tree 140

그림 III-1-4. 적정 supertype 개수를 나타낸 BIC 수치 그래프 142

그림 III-1-5. DAPC 분석을 통한 Supertyping 그래프 142

그림 III-1-6. 집단 내 Supertype의 비율 파이그래프 149

그림 III-2-1. 쉬리와 참쉬리의 분포, 채집지점 및 형태적 특징 159

그림 III-2-2. Cross-entropy를 통해 확인된 두 종의 집단의 유전적 구조 162

그림 III-2-3. Discriminant analysis of principal components(DAPC) 분석 결과 163

그림 III-2-4. 쉬리와 참쉬리의 parallelnewhybrid 결과 165

그림 III-2-5. Parallenewhybrid 프로그램으로 확인된 잡종개체들의 사진과 쉬리, 참쉬리의 형태적 특징 167

그림 III-2-6. 쉬리와 참쉬리의 UPGMA tree 결과 168

그림 III-3-1. 한국산 각시붕어(Rhodeus sinensis) 171

그림 III-3-2. 각시붕어 개체군의 PCA 분석 결과 176

그림 III-3-3. 각시붕어 개체군의 DAPC 분석 결과 177

그림 III-3-4. 각시붕어 개체군의 UPGMA tree를 이용한 유전적 구조 분석 177

그림 III-3-5. 분석에 이용된 각시붕어 모든 개체들에 대한 assignment test 결과 178

그림 III-3-6. 분석에 이용된 각시붕어 개체군의 Structuring 결과 179

그림 III-4-1. 납지리(Acheilognathus rhombeus) 182

그림 III-4-2. 가시납지리(Acheilognathus chankaensis) 183

그림 III-4-3. 큰납지리(Acheilognathus macropterus) 183

그림 III-4-4. 납지리-가시납지리(수컷/생식소) DEG-MA plot 187

그림 III-4-5. 납지리-가시납지리(수컷/생식소) DEG-Volcano plot 187

그림 III-4-6. Group 1(수컷-생식소)의 heatmap 192

그림 III-4-7. Group 2(암컷-생식소)의 heatmap 193

그림 III-4-8. Group 3(수컷-뇌)의 heatmap 194

그림 III-4-9. Group 4(암컷-뇌)의 heatmap 195

그림 III-5-1. ezRAD-seq 분석 결과 198

그림 III-5-2. MrBayes를 이용한 ezRAD-seq 마커 기반 199

그림 III-5-3. 전사체 분석을 위한 라이브러리 제작 방법 201

그림 III-5-4. 전사체를 이용한 유전자 구축 방법 201

그림 III-5-5. 염색체 3차 구조를 활용한 전장유전체 분석 202

그림 III-5-6. 두 개의 제한효소를 시용한 유전 다양성 마커 발굴 방법 비교 204

그림 III-5-7. STACKS를 이용한 ezRAD-seq 결과 분석 개요 204

그림 III-5-8. 경기도 파주 지역에서 확보한 신규 샘플 3개(PJ01-PJ03)의 유전적 구조 비교 205

그림 III-6-1. 전사체 분석에 사용한 옴개구리 시료 208

그림 III-6-2. STACKS 분석을 위한 parameter 최적화를 위한 분석 결과 210

그림 III-6-3. 옴개구리 ezRAD-seq 분석 결과 211

그림 III-6-4. 전사체 분석에 사용한 옴개구리 시료 정보 213

그림 III-6-5. GAPDH의 단백질 상동성 비교 결과 215

그림 III-7-1. 항아리곰팡이(Bd) 감염 실험 개요 219

그림 III-7-2. 항아리곰팡이(Bd) 감염 샘플의 전사체 발현양 상관관계 223

그림 III-7-3. 항아리곰팡이(Bd) 감염 샘플의 전사체 발현 변화 224

그림 III-7-4. 항아리곰팡이(Bd) 감염에 의해 변화하는 유전자의 기능 분석 224

그림 IV-1-1. 홍딱지바수염반날개의 외부 형태 및 피해 사례 226

그림 IV-1-2. Novaseq 6000 Sequencing Workflow 230

그림 IV-1-3. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-001 Marker의 빈도 분포 234

그림 IV-1-4. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-002 Marker의 빈도 분포 234

그림 IV-1-5. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-003 Marker의 빈도 분포 234

그림 IV-1-6. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-004 Marker의 빈도 분포 235

그림 IV-1-7. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-005 Marker의 빈도 분포 235

그림 IV-1-8. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-006 Marker의 빈도 분포 235

그림 IV-1-9. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-007 Marker의 빈도 분포 236

그림 IV-1-10. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-008 Marker의 빈도 분포 236

그림 IV-1-11. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-009 Marker의 빈도 분포 236

그림 IV-1-12. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-010 Marker의 빈도 분포 237

그림 IV-1-13. 홍딱지바수염반날개 집단에서의 AC-011 Marker의 빈도 분포 237

그림 IV-1-14. Marker loci를 이용한 홍딱지바수염반날개 3지역 개체군의 계통분석결과 238

그림 IV-1-15. 홍딱지바수염반날개 3개 집단에 대한 유전적 집단구조 239

그림 IV-1-16. 홍딱지바수염반날개 지역 개체군의 주성분 분석 239

그림 IV-2-1. 청딱지개미반날개의 외부 형태 및 피해 사례 240

그림 IV-2-2. NovaSeq 6000 Sequencing Workflow 244

그림 IV-2-3. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-001 Marker의 빈도 분포 247

그림 IV-2-4. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-002 Marker의 빈도 분포 247

그림 IV-2-5. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-003 Marker의 빈도 분포 248

그림 IV-2-6. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-004 Marker의 빈도 분포 248

그림 IV-2-7. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-005 Marker의 빈도 분포 248

그림 IV-2-8. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-006 Marker의 빈도 분포 249

그림 IV-2-9. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-007 Marker의 빈도 분포 249

그림 IV-2-10. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-008 Marker의 빈도 분포 249

그림 IV-2-11. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-009 Marker의 빈도 분포 250

그림 IV-2-12. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-010 Marker의 빈도 분포 250

그림 IV-2-13. 청딱지개미반날개 집단에서의 PF-011 Marker의 빈도 분포 250

그림 IV-2-14. Marker loci를 이용한 청딱지개미반날개 3지역 개체군의 계통분석결과 251

그림 IV-2-15. 청딱지개미반날개 3개 집단에 대한 유전적 집단구조 252

그림 IV-2-16. 청딱지개미반날개 지역 개체군의 주성분 분석 252

그림 V-1-1. 별늑대거미(NIBR) 254

그림 V-1-2. 별늑대거미의 STRUCTURE 분석 결과 259

그림 V-1-3. 별늑대거미의 PCoA 분석 결과 260

그림 V-2-1. 긴호랑거미(NIBR) 262

그림 V-2-2. 긴호랑거미의 STRUCTURE 분석 결과 267

그림 V-2-3. 긴호랑거미의 PCoA 분석 결과 267

그림 V-2-4. 긴호랑거미 유전자당 exon 개수 분포 268

그림 V-2-5. 긴호랑거미의 유전자 길이 분포 예측 269

그림 V-2-6. 긴호랑거미의 유전체 일부의 유전자 구조 정보 270

그림 V-2-7. 긴호랑거미 TMH 개수별 유전자수의 분포 271

그림 V-3-1. 무당거미(NIBR) 274

그림 V-3-2. NGS 분석을 위한 무당거미 DNA의 전기영동 결과 276

그림 V-3-3. Jellyfish를 통한 K-mer 분석으로 무당거미 유전체 크기 예측 279

그림 V-3-4. 무당거미 미토콘드라아 유전자 지도 280

그림 V-3-5. 무당거미과에 대한 계통수 287

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동물자원의 유전자 다양성 연구(4단계 3차년도) = Genetic diversity of animal resources 이용현황 표 - 등록번호, 청구기호, 권별정보, 자료실, 이용여부로 구성 되어있습니다.
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권호

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